일시적 2주택자의 양도소득세 계산을 두고 혼선이 일고 있다. 일시적 2주택자라도 양도세 감면주택이나 임대주택을 보유한 상황에서 양도세 중과세율을 적용받는 사례가 나타나고 있기 때문이다.

발단은 지난 2월 국세청이 일시적 2주택과 관련해 내놓은 유권해석이다. 일반인에겐 잘 알려지지 않은 이 유권해석의 내용은 이렇다. 조세특례제한법에서 규정한 양도세 감면주택을 보유한 사람이 일시적 2주택을 활용해 고가의 거주주택을 매각하는 경우 3주택 상태에서 양도한 것으로 보고 부분적으로 62% 중과세율을 적용한다는 것이다.

우선 일시적 2주택이란 이주할 집을 미리 마련한 사람이 2년(2018년 9월 13일 이전 매수 주택은 3년) 안에 기존 주택을 팔면 1주택 세율을 적용해주는 제도다. 이때는 조정대상지역 중과세를 피하면서 양도가액 9억원까지 비과세 혜택을 받을 수 있다. 감면주택은 조세특례제한법에서 규정한 신축주택이나 미분양주택 등을 말한다. 정부는 2013년 4~12월 취득한 주택은 5년 동안 양도세를 전액 감면하고 주택 수를 따질 때도 합산에서 제외했다. 당시 침체된 주택경기를 부양하기 위한 조치였다.

예컨대 감면주택 A아파트와 일반주택 B아파트를 소유한 사람이 C아파트를 추가로 매수한 뒤 2년 안에 B아파트를 매각한다면 일시적 2주택으로 9억원까지 비과세가 가능하다. 그러나 매도하는 B아파트가 실거래가 9억원을 넘는 고가주택이라면 세금 문제가 복잡해진다. B아파트에 대해 9억원까지는 비과세를 인정하지만 9억원 초과분은 일시적 2주택이 아니라 감면주택까지 포함한 3주택 세율을 적용해야 한다는 게 국세청의 해석이다. 조정대상지역 주택이라면 62% 중과세율이 적용된다. 9억원 초과분에 대한 장기보유특별공제(10년 최대 80%)도 사라진다.

B아파트를 15년 전 3억원에 취득해 20억원에 매각하는 경우라고 가정하면 종전까지 세무업계의 해석은 장기보유특별공제와 일반세율이 적용된 5578만원이었다. 하지만 국세청의 해석을 적용하면 5억9702만원으로 11배 가까이 오른다.

김종필 세무사는 “소득세법은 감면주택 외 1주택일 땐 고가주택이더라도 양도세 중과에서 제외하도록 규정하고 있지만 감면주택 외 일시적 2주택엔 이 같은 규정이 없다”며 “장기보유특별공제 배제와 중과세가 동시에 적용되기 때문에 심각한 문제가 발생할 수 있다”고 설명했다.

감면주택을 임대주택으로 바꿔도 상황은 마찬가지여서 ‘세금 사고’가 늘어날 수 있다고 전문가들은 우려한다. 우병탁 신한은행 부동산투자자문센터 세무팀장은 “과세 관청의 해석과 반대로 양도세를 신고했다가 뒤늦게 수습하는 사례도 있다”고 말했다. 원종훈 국민은행 WM스타자문단 세무팀장은 “일시적 2주택을 피해 기존 주택을 먼저 매각하면 중과세를 적용받지 않으면서 비과세와 장기보유특별공제도 가능하다”고 조언했다.

전형진 기자 withmold@hankyung.com