국내외 산업스파이들이 기승을 부리면서 국정원도 국내기업의 핵심기술 유출방지를 위한 활동에 적극 나서고 있다. 국정원은 지난 2003년 국정원 내에 산업기밀보호센터를 설립,관련조직을 확대개편해 산업체의 첨단기술 보호체제 구축,관련 첩보수집 및 산업스파이 색출에도 주력하고 있다. 국내 69개 첨단기술 보유업체 및 연구소,주요 단체와 정보통신 전자 생명공학 기계 등 4개 분야 산업보안협의회를 구성한 데 이어 과학기술부 산업자원부 정보통신부 등 정부부처와 합동으로 산업보안 정책협의회를 운영하고 있다. 지난 2003년 9월부터는 검찰 경찰 기무사 등이 참여하는 정보수사기관 산업보안협의회도 설치했다. 또 국내 주요 산업체 등을 대상으로 산업스파이 사례 및 대응방안에 대한 워크숍을 개최하고 산업스파이 식별요령에 대한 책자 3만5천여부를 배포했다. 인터넷(www.nis.go.kr)과 전화를 통해 24시간 산업기밀 유출 신고 상담 활동도 벌이고 있다.