이노비즈의 평가는 기업 스스로가 하는 것이 특색이다. 기업의 대표가 이노비즈 평가표를 보고 자신의 점수를 직접 매기는 것이다. 평가표는 중기청 홈페이지(www.smba.go.kr)나 한경닷컴(www.hankyung.com)에 들어가 'INNO-BIZ 평가표'를 다운 받아 자발적으로 점수를 매기면 된다. 이 자가평가에서 6백점을 넘으면 인터넷을 통해 중기청에 접수한다. 그 진단결과는 중기청에서 기술신용보증기금 기술평가센터로 넘어간다. 제출된 기업에 대해선 기술신용보증기금에서 각 기업의 현장에 심사를 나간다. 상반기엔 기술신보 산업은행 기술거래소등 3개기관이 현장심사를 했으나 하반기부터는 기관별 차이를 없애기 위해 기술신보에서만 평가하게 된다. 평가결과 9백점 이상이면 Aaa등급으로 구분되고 8백점 이상이면 Aa등급으로, 7백점 이상이면 A등급으로 각각 구분된다. 따라서 7백점이 넘어야 합격한다. 선정된 기업은 3년간 자격이 유지된다.