종근당은 지난 61년 동안 항생물질을 포함한 치료제중심 전문의약품 생산업체로 자리잡는데 성공했다. 지난해 11월 완제의약품 및 신약개발을 주력으로 하는 종근당과 발효 및 합성 원료의약품을 다루는 종근당바이오로 분할,"선택과 집중"을 통한 경쟁력 강화에 나섰다. 종근당 종합연구소에서는 신약과 신제형 중심의 연구개발에 집중적인 노력과 투자를 기울이고 있다. 신약연구개발에서 항암제,당뇨병치료제,항생제,패혈증치료제,비만치료제 및 성기능장애 개선제 등을 주요 연구개발 목표로 잡고 있다. 신약 파이프라인 확립을 위해 신약 발견단계연구를 강화하고 생물공학 기술을 이용한 약효검색 시스템을 개발했다. 조합화학을 이용한케미컬 라이브러리도 구축했다. 종근당이 현재 개발하고 있는 대표적인 신약은 캄토테신계 항암제 CKD-602이다. 고형암에 대한 항암작용이 뛰어나고 독성이 낮아 신약으로 개발 가능성이 매우 크다. 현재 임상1상을 완료하고 서울대병원을 포함한 15개병원에서 4가지 암환자에 대한 임상 2상 시험을 진행하고 있다. 임상에서 난소암 환자들의 암세포가 50%에서 75%까지 감소해 유효판정을 획득했다. 내년초에는 상품화가 가능할 것으로 전망하고 있다. CKD-602는 지난해 2월 한국신약개발조합이 선정한 제2회 신약개발대상을 수상했고 3월에는 특허청으로부터 특허기술상을 받았다. 종근당은 지난 2000년 미국 5대 첨단 생명공학 회사인 알자사와 CKD-602에 대한 라이센싱 계약을 체결하고 3백만달러를 지급받았다. 향후 총 3천만달러의 기술수출료와 상품화 이후 매출액에 따른 경상로열티 5%를 매년 지급받기로 했다. 종근당은 또 알자사와공동으로 약물전달시스템(DDS)인 스텔스리포좀(Stealth Liposome)기술을 이용한 신제형 항암제를 개발하고 있다. 종근당은 신제형개발 부문에서 첨단기술을 이용한 다양한 고부가가치 제품 개발을 목표로 DDS에 집중적인 투자를 하고 있다. 현재 미국의 대학들과 공동으로 포트시스템을 이용한 신규제제,3세대 세파계 경구용 항생제 개발을 수행 하고 있다. 생물공학 제품의 경구제 개발 및 초임계 기술을 이용한 나노입자 개발을 위해 국내 전문연구기관들과 공동연구를 추진하고 있다. 장기를 이식할 때 필수적인 면역억제제 싸이클로스포린A에 대한 해외을 지난해 완료했으며 미국 FDA에 완제품승인을 신청했다. 종근당은 또 포스트 게놈 시대에 맞는 신약 선도물질을 창출하기 위해 바이오인포메틱스(Bioinformatics)전문연구 벤처기업인 IDR과 공동연구를 진행하고 있다. 국내 및 해외 유수 연구기관과 유전자와 단백질 구조 및 기능을 밝히는 연구도 수행하고 있다. 종근당은 향후 연구개발력 강화를 통한 국제경쟁력 확보에 주력할 방침이다. 특히 정보기술(IT)과 나노기술(NT)을 결합한 바이오기술(BT)분야에 지속적으로 투자를 확대하고 해외 전문연구기관들과 협력을 통해 세계적인 신약개발기업으로 발돋움할 계획이다.