풀무원은 강원대 산학협력단과 협업해 낫토 품질을 높이는 제조기술을 특허 출원했다. 풀무원이 출원한 특허는 ‘온도 편차를 줄인 발효실 설계’다. 일본 발효식품인 낫토는 뚜렷한 사계절로 인해 계절별 온도, 습도 편차가 큰 국내에서는 발효가 어려웠다. 풀무원은 발효실 내 기류를 조절하는 장치를 달아 온도 편차를 줄였다. 기존 발효실은 위치에 따라 연중 6~7도까지 온도차가 발생했지만 특허 기술을 적용한 발효실은 온도 편차가 1.5도 이내로 줄었다. 풀무원은 충북 괴산군에 있는 낫토 공장에 특허 기술을 적용했다.