국세청이 우회상장 등 인수 · 합병(M&A) 관련 기업들에 대한 대대적인 세무조사에 나섰다.

24일 국세청 등에 따르면 국내 굴지의 주류그룹인 A홀딩스의 대표이사이자 최대주주인 B씨가 서울지방국세청 조사3국에서 지분 변동 등과 관련한 세무조사를 받고 있는 것으로 확인됐다.

B씨는 지주회사인 A홀딩스가 지난 7월 실시한 3800억원 규모의 유상증자에 자신이 보유한 주류업체 C사 주식을 현물출자하는 방식으로 C사를 A홀딩스의 자회사로 편입시켰다. C사 주식과 A홀딩스 주식을 맞바꾸는 일종의 '스와프' 거래였다. 이 과정에서 C사 주식의 가치가 과대 평가됐다는 의혹을 사고 있다. 국세청 관계자는 "지주회사로 그룹을 재편하는 과정에서 문제가 있었던 것 같다"며 "조사 과정에서 혐의가 확인되면 다른 주류회사 인수 과정 등도 조사할 수 있을 것"이라고 말했다.

유명 연예인이 관련된 주가 조작 혐의로 검찰 조사를 받고 있는 F사는 부가가치세를 과다하게 환급받은 혐의로 최근 강남세무서의 조사를 받았다. 혐의 금액은 3억원 정도로 그리 많지 않지만 현장 조사 과정에서 전면적인 세무조사로 확대될 가능성도 배제할 수 없는 상황이다. F사는 엔터테인먼트 업체인 R사를 통해 우회상장하면서 주가가 10배 이상 급등했다.

게임업체인 G사도 우회상장 대상 업체였던 D사의 법인세 문제로 조사를 받아 지난 11일 서울지방국세청에서 50억원을 내라는 추징 통보를 받기도 했다.

국세청 관계자는 "대주주 지분 변동 등을 수반한 M&A를 예의주시하고 있다"며 "해외 차명계좌를 이용한 지분 변동도 조사 대상"이라고 설명했다.

서욱진 기자 venture@hankyung.com