한·중·일 자유무역협정(FTA)을 체결할 때 농업문제를 비롯한 상품무역,서비스무역뿐만 아니라 지적재산권의 보호에 관해서도 규정할 필요가 있다. 현재 한·중·일 3국의 지적재산권 보호수준을 비교해 보면 한국과 일본이 비교적 높은 수준의 보호를 하고 있는 데 비해 중국에서의 지재권 보호수준은 미흡하다. 지적재산권의 보호수준을 설정함에 있어서 WTO(세계무역기구) TRIPS 협정 제4조상의 무조건적 최혜국 대우라는 법적인 제약요인과 각국 지적재산권 산업의 경쟁력을 고려했다. 한국의 경우 집적회로배치설계와 관련된 전자 반도체 산업에서만 뚜렷한 비교우위가 있고 나머지 첨단산업은 일본에 비해서,기초산업은 중국에 비해서 비교열위에 있는 것으로 판단됐다. 따라서 지적재산권 보호수준은 현재 WTO TRIPS협정에서 요구하는 수준으로 유지하되 중국의 지적재산권 보호수준을 한국수준으로 끌어올리는 것이 바람직하다.