부부 공동명의로 임대주택을 등록한 경우 양도소득세를 감면해주지 않겠다는 국세청 방침을 놓고 논란이 커지자 정부가 재검토에 나섰다.

9일 기획재정부 관계자는 “공동명의 임대주택 양도세 관련 국세청 법령 해석(유권해석)에 만족하지 못한 납세자가 기재부에 재질의를 요청해 검토에 착수했다”고 말했다.

국세청은 최근 “부부가 공동명의로 취득한 주택 한 채로 주택임대사업자 등록을 했을 경우 장기보유특별공제 등 양도세 특례를 적용받을 수 없다”고 해석했다. 부부 공동명의 주택이면 각자 0.5채를 가진 것이어서 양도세 특례 기준인 1채에 미달한다는 해석이다.

이를 두고 세법인 조세특례제한법에 1호의 기준을 명시적으로 규정하지 않았고, 부부 공동명의가 늘어나는 추세를 고려하지 않은 조치라는 반발이 커졌다. 국세청에 법령 해석을 요청했던 납세자도 이에 불복해 기재부에 “다시 검토해달라”고 요청했다.

임대사업자 세제를 둘러싼 논란은 이뿐이 아니다. 정부는 지난 7일 임대사업자의 세 부담을 낮춰주는 보완책을 내놨으나 10년 임대 유지 시 양도세 70~100% 감면은 불가하다고 밝혀 시장 불만이 계속되고 있다.

구은서 기자 koo@hankyung.com