건물등기를 하지 않은 채 서울 시내에 대형 건물을 소유해왔던 기업 2곳이 밀린 등록세 53억원을 자진납부했다고 서울시가 23일 밝혔다. 이들의 등록세는 각각 건물 재산가액의 2%인 44억5000만원과 8억5000만원이다.

이들 기업은 2007년과 2010년 연면적 1만㎡ 이상 대형 사옥을 준공했다. 그러나 보존등기를 하지 않고 등록세도 납부하지 않았다. 등록관리증을 법원에 제출하지 않아 법적으로는 재산권이 존재하지 않은 상태였다.

이처럼 건물을 짓고도 등기를 하지 않은 건물이 급증하자 정부는 지방세법을 개정, 작년 1월부터 취득·등록세가 통합부과되도록 했다. 이로써 등기신고를 하지 않아도 작년부터 준공된 건물은 등록세가 매겨졌다. 하지만 그 이전의 신축건물은 취득세와 등록세가 별도 납부였다. 부동산등기법에 따르면 건물 신·증축 시 등기는 의무사항이 아닌 신고주의다. 따라서 건물을 짓고 등기를 하지 않아도 위법은 아닌 셈이다.

대부분 건물주들은 법의 이런 허점을 이용, 준공검사가 끝나면 취득세를 낸 다음 시·구청에서 발급하는 건축물 관리대장만 확보한다. 서울시 세무과 관계자는 “건축물 관리대장을 토대로 건축물의 존재여부를 확인하고, 국세청이 소득세를 부과하는 데는 큰 문제가 없다”며 “건축주들의 경우 보존등기를 하지 않아도 당장은 건물을 점유·사용하는 데 불편함이 없어 등록세 납부를 미루는 게 관행화됐다”고 설명했다.

이후에 건물을 매각하거나 이전할 경우에는 부동산등기특별법에 따라 계약일로부터 60일 이내에 등기를 하고 미납된 등록세를 내기만 하면 된다. 등기 이전까지 ‘납세의무’ 자체가 성립되지 않기 때문에 가산세도 부과되지 않는다.

사정이 이렇다 보니 2011년 이전에 새로 지어져 등록세를 내지 않은 서울 시내 연면적 1만㎡ 이상 대형 건물만 9곳, 미납 등록세는 약 107억원으로 추정된다. 연면적 3300㎡ 이상 미등록 건물은 700여개에 달한다. 종교 시설이나 소송이 진행 중인 건물도 상당수 포함된 수치다.

문혜정 기자 selenmoon@hankyung.com