국세청이 공공기관 세무조사를 대폭 강화해 지난해 사상 처음으로 5000억원을 넘게 추징한 것으로 나타났다.

22일 박명재 자유한국당 의원실이 국세청에 요청해 받은 ‘최근 10년간 공공기관 세무조사 건수 및 추징세액’ 자료에 따르면 국세청은 지난해 24개 공공기관을 세무조사해 모두 5065억원을 추징했다.

공공기관 세무조사 추징액은 이명박 정부 시절이던 2008~2012년 매년 적게는 469억원(2009년), 많아 봐야 1534억원(2010년)에 머물렀다. 박근혜 정부가 들어서는 2013년 2304억원으로 늘어나 4년간 1조4381억원에 달했다.

정부 한 관계자는 “박근혜 정부가 ‘증세 없는 복지’를 위한 재원 마련을 위해 대형 공기업 등 공공기관 세무조사를 대폭 강화한 데 따른 결과”라고 말했다.

이번 정부에서 국세청은 공공기관 세무조사를 더욱 강화해 세금 추징액을 확대할 것이란 관측이 많다. 한승희 국세청장은 지난 6월 취임 이후 “정부의 공약 재원을 차질없이 조달하기 위해 대기업의 자금 불법 유출, 계열사와의 변칙거래 등 탈세를 중점 관리하겠다”는 입장을 여러 차례 밝혔다.

국세청이 세무조사를 강화하면 납세자들과 ‘조세 분쟁’이 급증하는 것 아니냐는 우려도 나온다. 예컨대 서울청 조사4국은 특별세무조사를 하고 작년 4월 가스공사의 해외자원개발 관련 배당금에 316억원의 법인세 등을 추징했지만 올해 6월 조세심판원에서 완패해 전액 돌려줬다. 서울청 조사4국은 이와 별도로 가스공사에 987억원의 개별소비세도 추징한 상태지만 이 역시 패소 위기에 처해 있다.

박 의원은 “국세청은 자칫 마른 수건 쥐어짜기 식의 세무조사가 이뤄지지 않도록 주의해야 한다”고 말했다.

이상열 기자 mustafa@hankyung.com