정부가 벤처지주회사의 주식 양도차익에 법인세를 물리지 않는 방안을 검토 중이다. 2001년 도입됐지만 유명무실한 벤처지주사 제도를 활성화하기 위한 조치다.

29일 관계부처에 따르면 공정거래위원회와 기획재정부는 벤처지주사가 보유했던 벤처기업의 주식을 팔 때 양도차익에 법인세를 부과하지 않는 것을 논의하고 있다. 벤처캐피털 등 중소기업창업투자회사는 주식 양도차익에 법인세를 면제받고 있는데 벤처지주사에도 이 같은 혜택을 주자는 것이다.

벤처지주사 제도는 지주사가 보유한 벤처기업의 주가 합계액이 전체 자회사 주가 합계액의 50% 이상이면 벤처지주사로 지정하는 것이다. 이 경우 벤처기업의 대기업 계열사 편입 등을 유예할 수 있다.

벤처업계는 그동안 대기업이 자회사 형태로 벤처캐피털을 소유하는 ‘기업주도형 벤처캐피털(CVC)’ 설립을 허용해달라고 요구해왔다. 하지만 공정거래법 전면개편 특별위원회는 이날 CVC 설립을 허용하지 않는다는 내용의 권고안을 공정위에 넘겼다.

공정위 관계자는 “CVC 설립이 금산분리(금융과 산업의 분리) 원칙에 따라 불가능하다고 특위가 결론냈다”며 “기존에 있던 벤처지주사 제도를 활성화하기 위해 양도차익 비과세 혜택을 벤처지주사에 주는 방안을 들여다보고 있다”고 말했다.

기재부 관계자는 “벤처지주사에 세제 지원을 어느 정도 할 수 있는지 부처 간 협의하는 단계”라며 “관심있는 기업들의 의견을 수렴하고 있다”고 했다.

공정위는 대기업이 벤처기업을 인수할 경우 대기업 계열사 편입 유예기간을 7년에서 10년으로 늘리고 벤처지주사 설립 자산요건은 5000억원에서 300억원으로 낮추는 방안도 검토하고 있는 것으로 알려졌다.

이태훈 기자 beje@hankyung.com