대기업 R&D 세액 감면폭 내년부터 줄인다

조세硏, 올 일몰예정 '비과세·감면' 공청회

중견기업은 혜택 유지
농협 등 5000개 조합 법인세 큰 폭 오를듯
신용카드 매출 공제 축소…음식·숙박업 세부담 늘듯

연구개발(R&D)이나 설비투자를 하는 대기업의 세금 감면 혜택이 크게 줄어든다. 신용카드 매출의 2%를 세금에서 감면받던 음식·숙박업자들의 세부담은 늘어날 전망이다. 농협·수협·신협 등 5000개 조합법인의 법인세율(9%)은 중장기적으로 일반법인 수준(10~22%)으로 크게 오른다.

한국조세재정연구원은 1일 서울 명동 은행연합회관에서 ‘2014년 일몰예정 비과세·감면 정비방향 공청회’를 열고 이 같은 내용의 세제 개편 방향을 제시했다. 연구 용역을 발주한 정부는 조세연구원의 제언을 바탕으로 다음달 ‘2015년 세법 개정안’을 내놓을 방침이다.

조세연구원은 우선 R&D 비용 세액공제를 재정비해야 한다고 권고했다. R&D 투자를 통한 세금 감면 규모만 연간 2조9155억원에 달하는데 대기업의 혜택을 줄이는 방향으로 세수를 늘려야 한다는 것이다.

R&D 비용 세액공제는 대기업의 경우 연구비와 인력개발비의 3~4%를 공제해주는 당기분 방식과 전년보다 늘어난 연구·인력개발비의 40%를 세금에서 깎아주는 증가분 방식이 있다. 두 가지 방식 중 유리한 것을 선택해 세금 지원을 받는다.

전병목 조세연구원 연구위원은 “대기업은 R&D 비용 증가율이 전년 대비 7~10% 이상만 되도 증가분 방식을 택하는 등 제도의 효율성이 낮다는 판단”이라며 “현 40%인 증가분 방식의 공제율을 내려 R&D 투자를 늘리도록 유도해야 한다”고 권고했다. 다만 공제율 하향으로 피해를 보는 중견기업이 없도록 ‘중견기업 구간’을 신설해야 한다고 덧붙였다.

또 1조8460억원(지난해 기준)의 세금 감면 효과가 있는 고용창출투자세액공제도 대기업에 한해 축소될 전망이다. 조세연구원은 고용이 늘어난 만큼 세금 감면을 받는 추가공제율은 높이고 설비투자에 대한 기본공제율은 낮춰야 한다고 조언했다. 현재 기본공제율은 수도권 내 대기업의 경우 설비투자액의 1%(수도권 밖 2%)다.

조세연구원은 “비과세·감면 제도의 일부 혜택이 대기업에만 집중되고 있어 이같이 결정했다”고 했지만 R&D 비용 세액공제와 고용창출투자세액공제 혜택은 지난해에도 축소된 바 있어 국회 논의 과정에서 재계 반발이 예상된다.

음식·숙박업과 같은 자영업자의 세부담이 늘어나는 것도 올해 발표될 세법 개정안의 핵심 중 하나다. 신용카드 매출의 일부를 세금에서 깎아주는 ‘신용카드 매출 우대공제율’이 기존 2%(기타 사업자 1%)에서 1%포인트 줄어들거나 폐지가 검토된다. 신용카드 매출 세액공제 수혜자는 130만명. 조세 감면 규모는 1조5000억원으로 추정된다.

금융상품 가입자를 위한 세금 감면 혜택도 크게 줄어든다. 특히 고소득자의 절세 수단인 세금우대종합저축 과세를 정상화해야 한다는 게 조세연구원의 주장. 세금우대종합저축제도는 20세 이상은 저축액 1000만원 이하, 60세 이상 노인과 장애인 등은 저축액의 3000만원까지 이자·배당 소득을 9%로 분리 과세하는 제도다. 일반인은 15.4%의 세금을 내야 한다.

조세연구원은 세금우대 종합저축에 재산·소득기준을 도입해 고액자산층이 이 제도의 혜택을 받지 못하도록 해야 한다고 제안했다. 또 조합법인 등에 대한 법인세 과세특례는 일반 법인세율을 적용받고 있는 비영리법인이나 중소기업 등 소규모 사업자와의 형평성에 문제가 있다며 법인세 인상을 중장기적으로 검토해야 한다고 했다.

김우섭 기자 duter@hankyung.com