'성 소수자'와 '성평등' 표현은 일부 단체들이 크게 반발했던 내용임에 따라 향후 갈등이 불가피할 것으로 보인다.
30개 단체가 연합한 국민희망교육연대는 "성 소수자라는 개념이 명확하지 않아 소아성애자, 동물성애자까지 포함할 것인지 개념 정립조차 어려운데 무작정 성 소수자 학생 인권교육을 하겠다는 것은 교육 폭거나 다름없다"고 주장한 바 있다.
서울교원단체총연합회(서울교총)도 같은 내용을 지적했다.
서울교총은 "사회 일각에서는 남녀 두 성별에만 국한하지 않고 성 소수자들까지 포함하는 의미로 '성평등'의 개념을 사용하도록 주장하고 있으나 이에 대해서는 사회적 합의가 이뤄지지 않았고 여전히 갈등이 봉합되지 않았다"며 "사회적 합의 없는 가치 편향적 단어는 학교 교육의 가치 중립성을 훼손할 수 있다"고 우려했다.
반면 전국교직원노동조합(전교조) 등은 계획을 환영했다.
전교조는 "차별 세력의 저항과 일부 시민들의 오해가 있지만, 서울시교육청이 학생인권종합계획을 흔들림 없이 추진하길 바란다"며 "차별과 혐오가 없는 학교에서 학생들이 교육 주체로서 당당히 참여하고 민주시민의 역량을 기를 수 있기를 희망한다"고 전했다.
청소년성소수자위기지원센터 띵동도 "서울학생인권조례가 제정된 지 10년 만에 '성 소수자 학생'이 당당히 언급됐다"며 "향후 학교 현장에서 실질적인 조처들이 이뤄져 성 소수자 학생들의 인권이 잘 보장되고 있는지 확인할 수 있는 후속 연구가 필요하다"고 강조했다.
계획에 교사의 인권 보호가 빠졌다는 지적도 나왔다.
서울교총은 "학생인권조례 제정 이후 문제행동 학생의 학습권·교권 침해에 대해 적절한 제어 방안이 없어 수업 및 생활지도에 어려움이 가중됐다"며 "학생의 권리 보장 및 강화에만 치우칠 것이 아니라 다른 학생들의 학습권과 교사의 교권을 침해할 경우 그에 따른 제재 수단 및 재발 방지 방안도 함께 제시해야 하지만 이런 내용은 없다"고 비판했다.