정부가 탈(脫)원전 정책을 추진하는 가운데 원자력 공기업인 한국수력원자력이 서울지방국세청에서 정기 세무조사를 받고 400억원에 육박하는 세금을 추징당한 것으로 확인됐다.

'탈원전' 와중에 세무조사까지… 한수원, 400억 추징당했다
6일 발전업계에 따르면 서울청 조사1국은 한수원의 2012~2016 회계연도 실적에 대해 약 5개월간 세무조사를 벌인 뒤 지난달 총 396억원의 세금을 추징할 방침이라고 통보했다.

한수원은 작년 3월 본사를 서울에서 경북 경주시로 옮겼다. 그럼에도 국세청은 현 관할관청인 부산지방국세청이 아니라 서울청을 투입해 이른바 ‘교차 조사’를 했다. 국세청은 본사는 지방에 있지만 주된 영업활동을 서울 등 다른 지역에서 하는 경우와 예치조사(회계장부 등을 압류해 벌이는 조사) 같은 고강도 조사 필요성이 있는 경우 등에 교차 조사를 한다고 설명했다. 하지만 교차 조사는 사유가 명확히 정해져 있지 않고 국세청이 필요하다고 판단되면 실시한다는 점에서 국정감사 때마다 ‘과잉 조사 수단으로 쓰인다’는 비판을 받았다.

서울청 조사1국은 이번 추징 사유를 구체적으로 밝히지 않았다. 하지만 한수원이 발전설비 같은 기계장치 감가상각비를 과도하게 비용으로 처리하고 요건이 안 되는 일부 설비·원재료에 부가가치세 매입세액공제를 받았다고 보는 것으로 알려졌다.

한수원은 조세심판 등 조세불복 절차 필요성을 검토하고 있다. 한수원 관계자는 “조세심판 청구 등을 할지는 아직 결정하지 않았다”고 말했다.

앞서 한국남동발전 한국동서발전 등 다른 발전사도 올 들어 세무조사를 받고 법인세 등을 추징당했다. 남동발전은 부산청의 세무조사를 받고 8월 35억원을 추징당했다. 동서발전도 부산청 조사를 받고 같은 달 75억원을 추징당했다.

남동발전은 본사가 경남 진주시에, 동서발전은 울산 중구에 있다. 모두 관할 지방국세청의 세무조사를 받았다. 이에 비해 한수원만 서울청에서 교차 조사를 받았고 다른 발전사의 최대 10배에 달하는 세금을 추징당했다.

국세청 관계자는 “개별 기업의 세무조사 내역은 국세기본법에 따라 확인해줄 수 없다”고 말했다.

이상열/이태훈 기자 mustafa@hankyung.com