대기업 공장개선·소방·폐수처리시설 투자 세액공제율 3→1%로
[문재인 정부 세법개정] 매년하는 대기업 R&D 투자엔 세금 덜 깎아준다
앞으로 대기업은 연구·개발(R&D) 투자를 늘려야 세제 혜택을 더 받을 수 있을 전망이다.

기획재정부는 2일 대기업 R&D 세액공제 축소 방안을 담은 '2017년 세법 개정안'을 발표했다.

현재 정부는 기업이 기업부설 연구소, 연구개발 전담부서에 쓴 인건비, 재료비, 시설임차료, 위탁 연구비 등을 R&D 투자로 보고 해당 지출의 일부분을 세금에서 깎아주고 있다.

공제율은 당기분, 증가분 방식 중 기업이 선택할 수 있다.

대기업의 경우 당기분은 해당 기업이 한 해 쓴 R&D 비용에 대해 1∼3% 세액공제를 받는 방식이고 증가분은 전년 대비 R&D 증가액의 30%만큼 세액에서 빼주는 방식이다.

정부가 이번에 손대기로 한 것은 대기업에 적용되는 당기분 R&D 세액공제다.

개정법에 따르면 대기업의 당기분 R&D 세액공제율은 0∼2%로 1%포인트 낮아진다.

R&D 실적이 늘지 않더라도 일률적으로 제공되던 기본공제율 1%를 없애겠다는 뜻이다.

여기에는 혜택이 줄어든 당기분 대신 증가분을 선택하도록 유도해 대기업의 R&D 투자를 늘리겠다는 정부의 의도도 깔렸다.

저성장이 고착화하는 가운데 세제로 대기업의 R&D 투자 확대를 유도해 투자 활성화를 이끌겠다는 의미다.

기재부 관계자는 "당기분 방식은 단순 보조적 지원으로 R&D 유인 효과가 크지 않았다"고 설명했다.

일부 설비 투자세액공제도 축소된다.

현재 정부는 공장개선, 자동화, 정보화 시설, 첨단기술시설 등에 대한 투자(생산성향상시설 투자세액공제), 소방, 화학 안전, 기술유출 방지시설 등에 대한 투자(안전설비 투자세액공제), 대기오염방지시설, 폐수처리시설 등에 투자(환경보전시설 투자세액공제)한 기업에 세금을 깎아주고 있다.

정부는 올해까지 적용될 예정이던 생산성향상시설 투자세액공제, 안전설비 투자세액공제를 각각 2019년까지 2년 연장하기로 했다.

단 공제율은 두 투자세액공제 모두 대·중견·중소 3·5·7%에서 1·3·5%로 축소할 방침이다.

2018년까지 시행되는 환경보전시설 투자세액공제율도 대·중소·중견기업 3·5·10%에서 1·3·10%로 조정된다.

R&D 설비, 에너지절약시설, 의약품 품질관리시설 등 다른 투자지원 제도에서 대·중견기업 공제율이 각각 1%, 3%라는 점을 고려해 이들 제도와 형평성을 맞춘다는 차원에서다.

최영록 기재부 세제실장은 "대기업 R&D 비용 세액공제, 설비투자 세액공제를 줄이면 세수가 대략 6천억원 늘어날 것"이라고 설명했다.

현재 80%인 대기업 이월결손금 공제 한도도 내년 60%, 2019년 50%로 점진적으로 줄어든다.

현행법상 기업들은 특정 연도에 공제받지 못한 이월결손금을 10년 이내에 공제받을 수 있다.

이 때문에 대기업이 해당 연도에 소득이 높더라도 이월결손금이 과도해 세금을 내지 않는 경우가 종종 있었다.

(세종연합뉴스) 김수현 기자 porque@yna.co.kr