컴퓨터 도소매업을 영위하는 박초래 사장은 2007년 2기 확정분 부가가치세 신고와 관련해 평소 거래가 전혀 없던 사람으로부터 1억원짜리 세금계산서를 일정 금액의 수수료만 받고 팔겠다는 갑작스러운 연락을 받았다. 망설이던 그는 부가가치세를 줄일 목적으로 컴퓨터 등 실물 거래 없이 매입 세금계산서를 수수료만 주고 샀다.

그런데 관할세무서로부터 거래 상대방이 자료상으로 통보돼 박 사장의 실제 거래 여부 및 부가세 등 탈루 혐의에 대해 세무조사를 하겠다는 '세무조사통지서'를 받았다. 2007년 2기분 부가가치세 납부 이후 별 문제없이 2년여의 시간이 흘러 그냥 지나가리라고 생각하고 있던 중 세무조사 통지를 받은 것이다.

박 사장의 경우처럼 사업과 관련해 자료상으로부터 제품 · 상품 등의 실물 거래 없이 세금계산서만 사고 파는 등 세금을 고의적으로 탈루 · 누락하는 경우 세무조사 대상으로 선정될 수 있으니 주의해야 한다.

세무조사를 하기 10일 전까지 세무조사통지서가 조사 대상 사업자 등에게 등기 우편으로 송달된다. 다만 사기와 기타 부정한 방법으로 세금을 포탈하거나 환급받는 등의 범칙 사건에 대한 조사는 세무조사 착수시 현장에서 세무조사통지서를 직접 교부하고 있다. 증거 인멸의 우려가 있기 때문어 사전 통지할 경우 조사 목적을 달성할 수 없다고 판단되기 때문이다.

국세청에서 실시하는 세무조사는 크게 정기 세무조사와 수시 세무조사로 구분할 수 있다. 정기 세무조사는 △국세청장이 납세자의 신고내용에 대한 정기적인 신고 성실도 분석 결과 불성실 혐의가 있다고 인정하는 경우 △최근 4과세 기간(또는 4개 사업연도) 이상 동일 세목의 세무조사를 받지 않은 납세자(=장기 미조사자)에 대해 업종 · 규모 등을 고려해 신고내용의 적정성을 검증할 필요가 있는 경우 △무작위 추출 방식에 의한 표본조사에 따른 경우 등에 실시한다.

다만 소규모 성실사업자에 대해서는 객관적인 증빙자료에 의해 과소 신고한 것이 명백한 경우가 아닐 경우 정기 세무조사를 실시하지 않을 수 있다.

수시 세무조사는 △납세자가 세법이 정하는 신고，세금계산서 또는 계산서의 작성 · 교부 · 제출，지급명세서의 작성 · 제출 등의 납세협력 의무를 이행하지 않은 경우 △무자료 거래와 위장 · 가공 거래 등 거래내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우 △납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우 △신고내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에 실시한다.

세무조사 대상으로 선정돼 세무조사통지서를 받은 경우라 하더라도 다음의 사유가 발생하면 세무조사 개시 전까지 세무조사 연기 신청서를 제출하면 세무서장의 승인을 받아 조사 연기가 가능하다. 이런 경우로는 △천재지변과 화재 등으로 사업상 심한 어려움이 있을 때 △납세자 또는 납세관리인의 질병 · 장기출장 등으로 세무조사가 곤란하다고 판단될 때 △권한있는 기관에 장부 · 증빙서류가 압수 또는 영치된 때 등이다.

따라서 사업과 관련한 제품 · 상품 등을 신규 거래처로부터 매입할 경우 사업자등록증 사본(또는 사업자등록증명원) 및 실제 사업장 존재 확인，견적서 주문서 거래명세표 인수증 대금입금증 등의 실질 거래 관련 서류 및 증빙을 잘 갖추고 있는 경우 세무조사에 따른 불이익을 받지 않는다.