기업이 부당 신청한 연구·개발(R＆D) 세액공제대상 금액이 300억원을 넘는 것으로 나타났다.

감사원이 2011년 법인세 신고 시 연구·인력개발비 세액공제를 신청한 상위 30개 법인에 대해 분석한 결과 3개 법인이 총 307억여원의 R＆D 투자 조세감면을 부당 신청했다고 5일 밝혔다. A사는 연구소에서 근무하지 않은 직원 279명에 대한 인건비 100억여원과 해당 연구소에서 사용하지 않은 재료비 182억여원을 세액공제 대상 비용에 포함해 연구·인력개발비 세액공제를 신청했다.

또 B사는 연구용으로 사용하지 않은 재료비 19억여원을 세액공제 비용에 포함했다. C사는 위탁 연구활동은 세액공제 대상이 아닌데도 관련 비용 6억여원을 연구·인력개발비에 포함해 세액공제를 신청했다.

감사원은 서울지방국세청장 등에게 현장 확인을 거친 뒤 법인세를 추가 징수하는 방안을 마련하라고 통보했다. 이와 함께 책임보험에 들지 않은 차량이 사고를 냈을 때 피해자를 돕기 위해 자동차보험 가입자들이 내는 분담금이 ‘주먹구구’식으로 산정되고 있는 것으로 확인됐다.

감사원에 따르면 국토해양부는 적정한 분담금률을 산출하지 않고 자동차 손해배상보장사업 분담금을 부과해 1999~2005년 매년 400억여원을 과다 징수했고, 2009~2012년 6월 필요한 금액의 57~72％ 수준으로 과소 징수했다.

조수영 기자 delinews@hankyung.com