건강보험심사평가원은 고객중심 서비스경영을 위해 CS(고객만족) 전담실 운영, CS 비전 수립 등 고객만족도 향상을 위한 지속적 노력을 벌이고 있다. 심평원 고객센터는 평일 오전 8시~오후 7시 상담사 50여명이 상담지식 매뉴얼을 통해 상담서비스를 제공하고 있다. 고객센터가 운영되지 않는 평일 오후 7시 이후나 주말에는 콜백서비스를 운영 중이다.

심평원은 의료서비스 등과 관련된 전문적 문의가 많은 기관 특성상 현업 부서와 고객센터 직원들이 서로 정기적인 소통 및 교육 시간을 갖도록 하고 있다. 각 부서 담당자와 고객센터 간 실시간 지식 및 정보 공유가 가능하도록 상담지식시스템(KMS)도 구축했다. 지난해부터는 간호사면허증을 가진 상담사를 채용하는 등 전문상담사제도를 도입해 일선 의료인과 소통에 어려움이 없도록 하고 있다.