권한이 커지는 기획재정부의 독주를 막을 장치가 없다는 게 가장 큰 문제로 지적된다.기획재정부가 '방향'을 잡으면 각 부처가 일사불란하게 따라가는 것이 효율적이기는 해도 만약 잘못된 방향으로 가더라도 이를 바로잡기가 전보다 어려워진다.

거시경제 운용과 예산편성을 한 부처에서 모두 맡는 것에서 비롯되는 부작용에 대한 우려도 나온다.한 국책연구소 연구위원은 "혹시라도 공룡 경제부처가 경기를 떠받칠 수단으로 재정을 동원하겠다고 마음먹으면 이를 적절히 견제할 방법이 없다는 게 가장 큰 문제"라고 지적했다.

금융위원회 신설안에 대해서도 '관치금융'의 폐해가 되살아나는 것 아니냐는 걱정이 나온다.금융계 일각에서는 "금융관료 조직의 비대화로 시장친화적 감독을 기대하기 힘들어질 것"이라는 우려도 제기되고 있다.'정책입안자(rule maker)'와 '감독자(supervisor)'가 합쳐지면서 견제 구조가 무너지는 문제도 지적된다.마치 검찰이 도둑을 잡다가 구성요건이 허술하면 스스로 형법을 고치는 것과 다를 바 없다는 것이다.

이 같은 지적들에 대해 박재완 팀장은 "과거 재정경제원 시절과는 달리 기획재정부의 재정 기능과 금융위원회의 금융 기능 사이에서 적절한 견제와 균형이 이뤄질 것"이라며 "금융위 역시 금융감독원의 기본적 역할분담은 유지되며 금융위원회는 감독규정과 지침을 운영하면서 감독집행을 맡는 금융감독원을 감시.감독하고 적절히 견제하게 될 것"이라고 설명했다.