경영평가단은 공공기관들의 지배구조에도 문제가 많다고 지적했다.

건강보험심사평가원의 경우 원장을 선임하는 추천위원회 위원 9명 중 정부 위원 4명 전원을 보건복지부 공무원으로 채울 수 있도록 지난해 관련 규정을 개정했다.

평가단은 이는 원장을 복지부 장관의 입맛에 맞는 인사로 앉히겠다는 뜻으로,기관 독립성에 심각한 타격이 우려된다고 지적했다.

환경관리공단 이사장 선임을 위한 추천위원회도 위원 7명 가운데 공무원 3명이 환경부 실·국장들이었다고 설명했다.

기관장의 전횡과 독주를 견제해야 할 공기업 감사와 비상임 이사들의 경우도 해당 공기업의 업무 특성과 상관없을 뿐 아니라 도덕적 자질과 책임감이 결여돼 있어 실질적인 기능을 수행하지 못하는 것으로 평가됐다.

농촌공사의 경우 지난해 42건의 이사회 안건 중 수정된 안건은 4건뿐으로 비상임이사·감사들의 적극적이고 비판적인 의사 개진이 필요하다는 지적을 받았다.

한국전력의 경우 중요한 이사회 안건을 서면으로 결의하고 비상임이사의 발언이 1~2명에 집중되는 등 이사회 운영이 원활하지 않았던 것으로 지적받았다.

특히 2006년 11차 이사회는 전기요금 조정에 따른 공급 약관의 개정이라는 매우 중요한 안건을 다뤘는 데도 서면결의로 대체됐다.