6월부터 시작되는 전국 10개 혁신도시 토지보상을 앞두고 땅을 수용당하게 된 주민들이 올해부터 보상비에 대한 양도소득세가 급증하게 된 데 대해 반발하고 있다. 이들은 행정중심 복합도시처럼 양도세를 감면해 달라고 정부에 잇따라 민원을 제기, 사업일정에 차질이 우려된다.

여기에 일부 지자체들은 이전 대상 공공기관을 분산 유치할 수 있게 당초 계획을 수정하라고 정부에 요구,마찰을 빚고있다.