지난 99년 중장기 대형 국가연구 개발사업을 추진하기 위해 발족한 '21세기 프런티어 연구개발사업단'의 주요 자리를 과학기술부 출신들이 차지한 것으로 밝혀졌다. 한나라당 김석준 의원은 4일 국회 과기정통위원회의 과기부에 대한 국감 질의자료를 통해 "22개 프런티어 연구개발사업단의 사무국장과 행정팀장급 중 절반이 넘는 14개 사업단의 사무국장과 팀장 17명이 과기부에서 20년 이상 근무한 사무관이나 서기관 출신"이라고 주장했다. 김 의원은 이어 "이들은 평균 6천5백여만원의 연봉을 받고 있지만 학력이나 경력이 연구개발사업과 별다른 연관성이 없는 것으로 나타났다"며 시정을 요구했다.