검찰의 송두율 교수 구속을 둘러싸고 검찰과 청와대 법무부간 미묘한 기류가 감지되고 있다. 검찰은 노무현 대통령과 강금실 법무부 장관이 송 교수 사법처리에 사실상 반대 입장을 보인데 대해 개의치 않은 채 '구속수사'라는 초강수로 밀어붙였다. 참여정부 출범 이후 최도술 양길승 안희정 염동연씨 등 대통령 측근과 정대철 민주당 대표 등에 대한 강도 높은 수사 의지에 비춰볼 때 이는 예고된 '정공법'이었다는 해석이 강하다. 검찰과 법무부 사이에도 미묘한 기류가 감지되고 있다. 강 장관은 "송 교수가 설사 '김철수'라 해도 처벌할 수 있겠느냐", "송 교수 입국은 결과적으로 우리 체제를 선택한 것으로 보인다"며 송 교수를 옹호하는 듯한 발언으로 검찰 수사를 사실상 압박해 왔다. 결국 강 장관이 검찰 의견을 수용하겠다고 밝혀 강 장관의 검찰지휘권 발동 논란은 유야무야됐지만 검찰 법무부간 관계에 적지 않은 앙금이 남을 것으로 보인다.