산.학.관이 지난 1917년 재단법인으로 설립한 것으로 자연과학분야에서 일본 최고수준의 연구소다. 오랫동안 물리 화학 등 기초연구로 유명했지만 현재는 생명과학 분야를 간판으로 하고있다. 이화학연구소의 생명과학 연구는 뇌 게놈 생명탄생(재생의학) 면역의 4대 분야로 진행되고 있다. 연구소내에는 뇌과학 종합연구센터,게놈과학 종합연구센터,유전자 다형 연구센터,식물과학 연구센터 등이 있다.