카드 결제액이 1만원 미만일 경우 지금까지는 평균 2.42%의 수수료율이 부과됐지만 앞으로는 3.22%로 크게 상승한다. 카드 결제 과정에서 발생하는 부가가치망(VAN) 이용 비용의 비중 등이 커지기 때문이다. 소비자가 카드를 긁을 때 가맹점과 카드사를 연결해주는 VAN 비용은 결제금액과 상관없이 정액이 부과된다. 보통 100~150원이다. 새로운 수수료 체계에서는 매번 결제 때마다 VAN 비용을 수수료에 반영하는 것을 뼈대로 하고 있다. 편의점과 슈퍼마켓 등 소액 구매가 많은 가맹점의 수수료율이 상승할 수밖에 없는 이유가 여기에 있다.

이에 따라 카드업계에서는 가맹점들이 소액 구매에 대한 결제를 거부할 수 있을 것으로 우려하고 있다. 2500원짜리 담배 한 갑을 팔면서 100원을 버는데 카드 수수료율이 3.22%라면 80원50전을 카드사에 내야 할 수도 있기 때문이다. 심지어 이윤이 수수료보다 적을 수도 있다. 여신전문금융업법에 따르면 카드 결제를 거부할 경우 1년 이하의 징역 또는 1000만원 이하의 벌금형을 받게 된다.

용역팀은 수수료가 지금보다 대폭 인상되는 가맹점에 대해 매년 인상 폭을 제한하거나 거래 건수가 증가할수록 건당 VAN 비용을 낮게 적용하는 방법을 해결책으로 제시했다.