2년내 팔때 1주택 40~50%…2주택은 6~35%
재정부 "갑작스런 법안 통과탓…이달내 해결"

1세대 다주택자의 양도세 부담을 크게 덜어주는 방향으로 지난주 국회 상임위원회를 통과한 내년도 세법 개정안이 오히려 1세대 1주택자의 세부담은 상대적으로 증가시킬 수도 있다는 지적이 나왔다.

8일 기획재정부와 부동산 업계에 따르면 현행 소득세법상 2년 미만 단기보유 중과세 규정과 지난 주말 기획재정위를 통과한 세법개정안이 서로 일관되지 않아 조정이 필요한 것으로 나타났다.

개정안에 따르면 1세대 다주택자의 경우 내년 또는 내후년에 팔거나 이 기간에 사서 언제 팔아도 양도세 중과를 피할 수 있다. 원래 1세대 2주택자는 양도차익의 50%,3주택자 이상은 60%까지 중과됐으나 이번 개정안에 따라 각각 기본세율(6~35%)과 45%만 내면 된다.

하지만 1세대 1주택자는 내년이나 내후년에 팔더라도 보유 기간이 2년 미만일 경우 40~50% 중과세를 적용받게 된다. 1년 미만일 경우 50%,1년 이상~2년 미만은 40%를 적용받는다.

즉 같은 주택을 내년에 똑같이 팔더라도 1세대 2주택자는 기본세율(6~35%)만 내면 되지만 1년 미만을 보유했다가 파는 1세대 1주택자의 경우 50%의 세율로 양도세를 내야 한다.

원종훈 국민은행 PB 세무사는 이와 관련,"이번 세법개정안은 1세대 다주택자의 단기 보유에 대한 부분을 명확히 하지 않아 문제가 발생한 것"이라며 "추후 이에 대한 조정이 필요하다"고 지적했다.

원 세무사는 또 "소득세법상 단기보유에 따른 중과 규정은 기본적으로 짧은 기간 내 주택을 사고팔아 단기 차익을 노리는 투기행위를 막기 위한 조치"라며 "부동산 거래 활성화를 위해 다주택자의 양도세 중과를 풀어주면서 정작 단기보유 중과 규정에 대한 언급이 없었던 게 문제"라고 덧붙였다.

재정부 관계자는 이와 관련,"다주택자 양도세 완화 관련 법안이 국회 상임위 논의과정에서 갑자기 통과되는 바람에 기존 규정과 불일치 문제를 조정할 여유가 없었다"면서 "이달 정식으로 법안을 공포하기 전까지 문제를 해결할 방침"이라고 밝혔다.

세법 개정안의 시행시기가 내년 초로 결정되면서 정작 12월 한 달간은 일시적인 거래 공백이 발생할 가능성에 대한 우려도 제기됐다.

서울 성동구 성수동 인근에서 영업 중인 K공인 관계자는 "조만간 성수동 일대 아파트 계약을 하려던 사람이 돌연 계약을 연기하자는 입장을 통보했다"며 "시행시기가 내년이라 12월 한 달간 거래 공백은 오히려 더 심해질 것"이라고 말했다.

이에 대해 재정부는 소급 적용은 일단 없다는 입장이다. 재정부 재산세제과 관계자는 "이번 세법 개정안의 경우 시행시기와 발표시기가 한 달도 못 돼 소급적용의 실익이 적다"며 "양도세 완화 규정을 소급적용해 주더라도 경기 상황이 워낙 좋지 못해 거래가 활성화될 가능성이 크지 않을 것"이라고 설명했다.

이호기 기자 hglee@hankyung.com