해당 부처들 외에 건강보험공단의 역할 부재론이 나오고 있다. 건보공단은 공무원·교직원 건보와 지역조합 직장조합 등 3개 조직이 통합된 조직. 직원수만 1만454명에 예산 규모 20조3874억원(의료급여 포함)으로 정부 산하 최대 기관이다. 보험료 부과·징수,급여 지급 등 주요 업무를 도맡아하고 있다. 건보공단은 그러나 조직이 불안해 제 역할을 못하고 있다는 지적을 받고 있다. 우선 40~50대 직원이 76%를 차지해 조직 안정성이 흔들리고 있다. 10년 후면 수천 명이 한꺼번에 나가야 할 판이다. 한꺼번에 짊어지게 될 엄청난 재정 부담은 차치하더라도 업무 연속을 위해 순차적인 조정이 필요하다. 올해 131명을 줄이려 하고 있으나 제대로 될지는 미지수다. 노조의 협력 여부가 변수다. 현재 공단 노조는 2개. 옛 지역건강보험인 사회보험노조(민주노총 소속)와 직장건강보험노조(한국노총)에 각각 5500여명과 2800여명씩 가입해 있다. 이들은 고용안정 문제로 2002년 이후 3년간 연평균 100일씩 시위를 했다. 노조 전임자만 56명(1월 말 현재). 이들에게 들어가는 인건비가 25억2000만원이다. 회사는 복수 노조에 대응하기 위해 노사협력 1,2부를 따로 두고 있다.