한국과학기술원 학생은 병역특례, 장학금지원 등 보통 학생들과는 다른 대우를 받았다. 그 가운데 가장 중요한 것이 병역특례였다. 3년간 국내 연구소나 산업체에 근무하게 돼있기는 했지만 군대에 가지않고 공부를 계속할 수 있다는 것은 엄청난 메리트였다. 경제적 혜택도 빼놓을 수 없다. 설립 당시의 '5개년 사업계획서'에 따라 학비를 면제받았으며 월 2만∼3만원의 장학금도 받았다. 당시 연세대 고려대 등 사립 명문대학의 등록금도 10만원 수준이었음을 감안하면 적지 않은 것이었다. 인재 유치에 도움을 줬던 특혜조치들은 점차 빛을 잃어갔다. 과학원에만 주어지던 병역특례가 1980년대 들어 석사장교제도가 신설되면서 일반 대학에도 확대 적용되기 시작했다. 1989년에는 병역법 개정으로 과기원 학생들에 대한 특례제도가 폐지됐다. 전액 면제됐던 학비도 2001년부터는 석.박사 과정에 대해 10만원을 받기 시작했으며 올해는 20만원으로 올랐다.