.이번 지방선거에서 처음으로 도입된 전자개표기중 일부가 제 역할을 못해 개표작업이 차질을 빚었다. 고장이 속출한데다 개표요원들이 사용방법을 숙지하지 못했기 때문. 전자개표기는 투표함에서 꺼낸 투표지를 펴서 넣으면 유.무효 여부와 후보자별 득표사항을 집계해 내고,이들 표를 후보자별로 별도 배출한다. 선관위는 전자개표기 6백50대를 제작,전국 2백77개 개표소중 2백75곳에 설치했으며 개표 인원 및 시간을 줄이는 데 크게 유용할 것으로 기대했었다. 실제로 서울 종로구 경기상고에 마련된 개표소에는 시장.구청장 후보 개표때 전자개표기 2대.1대를 각각 활용,투표지 1천여장을 읽는 데 수분이 걸리지 않는 등 "효과"를 발휘했다. 그러나 전자개표기를 운영하는 직원들이 사전에 기본교육을 제대로 받지 못해 우왕좌왕하면서 개표시간이 지연됐다. 서울 아현1동 제3개표소에서는 유권자들에게 교부된 서울시장 선거투표용지 1천9백여장이 개표기 집계결과 1천6백여장으로 나와 3백여표의 오차가 생기는 일도 벌어졌다. 제주와 경남,강원 등 일부 지역에서도 전자개표기의 결함으로 인해 수작업으로 개표를 진행하는 사례가 잇따라 발생하기도 했다.