농업기반공사의 구조조정이 짧은 기간동안 성공적으로 추진된 것은 문동신 사장이 평소 강조해온 3대 경영철학이 제대로 구현됐기 때문이다. 인간존중,기술혁신,환경과의 조화가 바로 그것이다. 기업의 운명을 결정하는 가장 중요한 요소는 결국 직원이라는 것이 문 사장의 지론. 그는 기존 공기업처럼 명령과 복종의 수직적인 관계로는 지속적인 성장을 기약할수 없다고 강조한다. 이보다는 자율과 창의를 존중하고 신뢰를 중시하는 풍토를 조성, 직원 각자가 책임감과 주인의식을 갖게 해야만 일류 공기업을 만들수 있다는 것이 문 사장의 신념이다. 문 사장은 무한경쟁체제에서 미국 등 농업 선진국에 비해 경쟁력이 떨어지는 한국 농업의 당면과제는 끊임없는 기술 혁신이라고 지적한다. 이에 따라 통합 이후 농어촌 정비와 농업기반시설 관리, 물 관리의 체계화에 앞장서는 등 기술 혁신을 위해 부단히 노력해 왔다. 그는 환경과 함께 하는 농업의 발전에도 관심이 크다. 생존권과도 같은 환경을 살리기 위해선 모든 사업을 하면서 환경의 중요성을 잊어서는 안된다고 주장해 왔다.