중소기업 연구개발(R&D) 분야 조세지원 제도를 혼합형 공제방식으로 개선할 필요가 있다는 의견이 제기됐다. 국내 R&D 조세지원제도가 축소되면서 중소기업의 R&D 투자가 위축될 우려가 있어서다.

중소기업연구원은 9일 발표한 ‘중소기업 R&D 활성화를 위한 조세지원제도 개선방안’ 보고서에서 “해외 주요 국가들은 중소기업의 경쟁력을 확보하기 위해 기업의 R&D 활동에 대한 조세지원을 확대하고 있다”며 “우리나라는 R&D 조세지원을 줄이고 있어 중소기업의 R&D 투자가 위축될 가능성이 크다”고 지적했다. R&D 조세감면액은 2016년 기준 2조2756억원으로 전년 대비 25.1%(7633억원) 줄었다. 2012년 이후 연평균 5.9% 감소 추세다.

해외 주요국의 경우는 반대다. 미국은 2013년 R&D 조세지원액이 112억9000만달러로 2009년(77억7000만달러)부터 매년 평균 9.8%씩 증가했다. 영국도 2010년 11억1000만파운드에서 2014년 24억5000만파운드로 늘었다. 연평균 증가율은 21.8%다. 일본 역시 2012년 3495억엔이었던 조세감면액이 2014년에 6646억엔까지 늘어났다.

중기연구원은 R&D 조세지원 정책을 혼합형 공제방식으로 개선해야 한다고 제안했다. 현행 R&D 세액공제는 당기분과 증가분 중에서 유리한 것을 선택하는 방식이다. 현행 공제방식에 따르면 중소기업이 증가분을 적용받기 위해서는 전년 대비 100% 이상 R&D 투자를 늘려야만 한다.

노민선 중기연구원 연구위원은 ”연구원은 “현행 R&D 세액공제 방식을 당기분을 기본 공제로 하고 증가분을 인센티브로 추가 공제하는 혼합형 공제방식으로 개선할 필요가 있다”며 “초기 이익을 실현하기 어려운 창업 중소기업의 미사용 R&D 세액공제 금액은 세금 포인트로 전환, 다른 세금 납부 시 차감할 수 있도록 허용해야 한다"고 말했다.

이민하 기자 minari@hankyung.com