이르면 올해 안에 벤처기업 임직원의 스톡옵션에 대한 세금 부담이 완화된다.

정부는 5일 경제관계장관회의에서 벤처기업 임직원의 스톡옵션 과세와 관련해 현행 근로소득세 납부 방식 외에 양도소득세 납부 방식도 허용하기로 했다. 벤처기업 임직원이 두 가지 납부 방식 중 하나를 자신에게 유리하게 선택할 수 있도록 한 것이다. 이를 위해 정부는 이달 중 조세특례제한법 개정안을 국회에 제출할 예정이다.

현행 과세 방식은 벤처기업 임직원이 스톡옵션 행사로 시가보다 낮은 가격에 주식을 취득할 때 얻는 행사이익(시가-행사가격)을 근로소득으로 간주해 세금을 물린다. 세율은 이익 규모에 따라 6~38%가 적용된다. 이에 대해 벤처업계는 “스톡옵션 행사 시점에선 실제 돈이 들어오는 게 아닌데 세금을 내라는 것은 불합리하다”며 제도 개선을 요구해왔다.

개선안은 기존 방식 외에 벤처기업 임직원이 스톡옵션 행사로 취득한 주식을 실제 처분하는 시점에 얻는 이익(매각가격-행사가격)에 대해 양도소득세를 내는 방식도 허용하겠다는 것이다. 세율은 20%(중소기업 10%)다.

다만 양도세 납부 방식은 △벤처기업 육성에 관한 특별조치법에 따른 스톡옵션 △행사 시 부여받은 주식 1년간 보유 △연간 행사가액 1억원 이하 등 세 가지 요건을 모두 총족할 때만 가능하다. 요건을 충족하지 못하면 지금처럼 근로소득으로 과세한다.

정부는 또 현행 과세 방식을 선택하는 경우에는 임직원의 스톡옵션 행사이익만큼을 기업이 인건비로 처리(손금 인정)할 수 있도록 법인세법 시행령을 고치기로 했다. 하지만 양도세 납부 방식은 이 같은 손금 인정이 허용되지 않는다.

벤처업계는 대체로 환영하면서도 일부 사안에 대해서는 아쉬움을 표시했다. 김영수 벤처기업협회 정책협력실장은 “우수 인력을 확보하는 데 큰 도움이 될 것”이라며 “다만 벤처기업 스톡옵션 제도 개선의 한 축이 개인에 대한 세 부담 경감이고 다른 한 축이 기업의 세 부담 경감이라고 볼 때 기업의 손금 인정이 안되는 부분은 아쉽다”고 말했다.

주용석/임근호 기자 hohoboy@hankyung.com