"연결납세제 등을 통해 기업의 세 부담을 덜어주자는 취지에는 공감하지만 당장 시행하기에는 미비한 점이 너무 많다."

한국조세연구원이 27일 주최한 '기업과세제도 선진화관련 공청회'에서 전문가들은 정부가 추진 중인 기업관련 세제개편 방안에 대해 이같이 한 목소리로 우려했다.

정부는 올 정기국회에 관련법안을 올려 내년부터 시행한다는 계획이었지만 이번 공청회를 통해 풀어야 할 문제가 많은 것으로 나타남에 따라 실제 도입시기는 상당기간 늦춰질 전망이다.

이날 공청회에서는 <>연결납세제도 <>파트너십 과세제도 <>톤세제도(tonnage tax system) 등 세 가지 주제가 논의됐다.

○ 연결납세제 조기 도입, 부작용 논란

공청회 참석자들이 연결납세제 조기도입에 반대한 첫번째 이유는 상당한 세수감소가 우려된다는 것.

예컨대 모기업이 1백억원의 흑자를 내고, 자회사는 70억원의 적자를 냈을 경우 현재는 모기업이 거둔 1백억원의 이익에 대해 모두 세금이 붙지만 연결과세제도가 시행되면 두 회사의 순(純)이익 30억원에 대해서만 법인세가 부과된다.

연결납세제가 도입될 경우 연간 약 5천억원의 법인세가 덜 걷힐 것으로 추정되고 있다.

박정우 서울시립대 교수는 "연결납세제로 재정적 어려움이 예상되는 만큼 좀 더 시간을 갖고 추진해야 한다"고 강조했다.

과세체계가 지나치게 복잡해지는 것을 우려하는 목소리도 높았다.

오윤택 영화회계법인 전무는 "연결납세제는 현행 개별기업 과세제도에 비해 상당히 복잡한 제도이므로 기초적인 형태의 연결납세제를 도입한 뒤 점차 제도의 완성도를 높이는게 바람직하다"고 조언했다.

김진수 조세연구원 선임연구위원도 "조세회피 수단으로 활용되는 것을 막기 위해서라도 치밀하고 복잡한 규정은 불가피하다"고 말했다.

조세 형평성에 어긋난다는 의견도 나왔다.

최영태 참여연대 조세개혁센터 소장은 "연결납세제는 가난한 자의 세금을 걷어 대기업에 지원하는 것"이라며 "한국은 선진국들과 달리 아직 사회안전망이 부실하므로 제도 도입을 늦춰야 한다"고 주장했다.

이밖에 부실기업에 대한 지원이 이뤄져 기업구조조정을 지연시킬 수 있다는 점도 시정해야 할 대목으로 지적됐다.

○ 적용 대상기업은 어디까지

모회사의 자회사 지분율이 얼마일 때 연결납세제를 적용할 지에 대해서도 논란이 빚어졌다.

조세연구원은 세수감소나 조세회피 등의 부작용을 줄이기 위해서는 자회사의 지분율을 최대한 높이는게 바람직하다는 의견을 개진했다.

도입 초기 연결납세 적용기준으로는 '자회사 지분율 1백%'를 제시했다.

이에 대해 이승철 전국경제인연합회 상무는 "지분율이 1백%인 자회사는 대부분 경제연구소 등 소규모 기업"이라며 "기업들이 실질적인 혜택을 받을 수 있도록 연결납세 적용기준을 자회사 지분율 80%로 낮춰야 한다"고 강조했다.

자회사가 없는 중소기업이나 연결납세를 선택하지 않은 기업과의 조세 형평성 문제도 해결해야 할 숙제로 떠올랐다.

이전오 한국조세연구포럼 회장(변호사)은 "중소기업에 현재 적용되고 있는 40여개의 감면제도는 연결납세제와 분리시켜 따로 논의해야 한다"고 말했다.

○ '파트너십 과세'도 신중론 우세

조합이나 합명ㆍ합자회사 등 법인이 아닌 소규모 '인적회사'에 대해 법인세를 부과하는 대신 회사를 구성하고 있는 파트너별로 소득세를 과세하는 제도인 '파트너십 과세제도' 역시 장기 과제로 연구하는 것이 바람직하다는 지적이 우세했다.

김재진 조세연구원 연구위원은 "민ㆍ상법상 규정 미비로 분쟁 소지가 있으며 인적회사(파트너십)의 결손금을 다른 사업에서 발생한 소득에서 공제받을 수 있어 조세 회피 우려도 있다"고 설명했다.

김완석 서울시립대 교수도 "기존의 회사제도나 조합제도를 활용하더라도 큰 문제가 없는데 굳이 새로운 제도를 시행할 필요가 있느냐"고 반문했다.

그러나 최홍배 한국공인회계사회 국세연구위원장은 "한국에 투자하러 온 외국인들은 한국에 파트너십 과세제도가 없다는 것을 의아해 한다"며 "외국인 투자 증대를 위해서라도 제도도입을 서둘러야 한다"고 말했다.

한편 해운업체의 소득을 계산할 때 실제 영업상 이익이 아닌 선박의 톤수와 운항일수를 기준으로 산출한 '추정이익'을 적용, 세금 납부규모를 예측 가능하게 하자는 '톤세제도'에 대해서는 실제이익에 세금을 매긴다는 '실질과세원칙'에 어긋나고 업종간 과세 형평성 문제가 불거질 수 있다는 점이 개선해야 할 과제로 지적됐다.

안재석 기자 yagoo@hankyung.com