국책 연구기관인 한국조세재정연구원이 내년 세제개편안의 부작용을 지적하고 나섰다. 가장 크게 문제 삼은 대목은 부동산 세제 개편 관련 장기보유특별공제 한도(10억원) 설정이다. 앞서 정부는 양도소득세 장기보유특별공제를 개편해 1가구 1주택자의 공제를 현행 ‘보유·거주 병행 구조’에서 ‘거주 단일 구조’로 전환했다. 또 공제 한도를 신설해 최대 10억원(2029년부터)으로 제한했다.

연구원은 ‘공제 한도’와 ‘거주 중심 단일 구조 전환’이 부동산세제 합리화라는 정책 목적에 부합하는지 의문을 제기했다. 한도액 설정이 ‘물가상승분 세 부담 완화’를 위해 1989년에 도입한 장특공제의 취지와 기능을 훼손할 수 있다고 우려했다. 10억원 한도를 넘는 순간 실질소득이 아니라 명목소득에 과세해 ‘실질과세 원칙’에 위배될 수 있다는 의미다.

장특공제 대폭 축소에 따른 과세 형평성 문제도 제기했다. 거주기간이 길고 물가상승률이 높을수록 실질 양도차익 대비 세 부담이 커진다는 지적이다. 최근 한국납세자연합회도 한도 설정이 ‘최장기·최고령 납세자일수록 두텁게 배려해야 한다’는 헌재 결정에 배치된다고 지적한 바 있다.

연구원은 또 ‘가업상속공제 개편안’의 보완을 주문했다. 공제 한도를 1000억원으로 높였지만, 심사위원회의 심사·승인 절차가 추가돼 불확실성이 더 커졌다는 설명이다. 장기간 승계를 준비해도 결과를 확신하기 어려워졌다며 공제 여부를 사전에 확인할 수 있는 장치 마련을 제안했다.

세제는 예측 가능성, 납세자 수용성, 중장기적 일관성이 중요한 만큼 부작용 최소화 조치가 필수다. 세제개편안은 우여곡절 끝에 이달 초 국무회의에서 확정돼 국회로 넘어간 상태다. 조세연구원은 자본이득 일시 실현에 따른 결집효과, 장기거주 소득공제 한도의 적정성, 세 부담의 임대시장 전가 가능성 등의 실증적 검토를 주문했다. 국회 심의 과정에서 쟁점별 논거를 충분히 들여다봐야 한다.