서울바이오허브 입주기업인 AI·분자동역학 기반 신약개발 기업 아토매트릭스가 한림제약과 신규 약물 표적을 겨냥한 저분자 신약 후보물질 발굴 연구 계약을 체결했다고 2일 밝혔다.

이번 연구는 새로운 약물 표적을 바탕으로 비만 등 대사질환 치료 가능성을 탐색하는 초기 신약개발 연구다. 양사는 한림제약의 의약품 연구개발 경험과 아토매트릭스의 신약설계 플랫폼 ‘캔디’(CANDDIE)를 결합해 후보물질을 설계하고 선별할 계획이다.

신규 표적 대상 신약개발에서는 표적 단백질의 특성을 이해하고, 약물이 결합했을 때 나타나는 반응을 예측하는 과정이 중요하다. 아토매트릭스는 단백질의 구조와 움직임, 화합물의 결합 특성 등을 예측해 후속 실험에서 우선 검토할 후보물질을 제안하는 역할을 맡는다.

캔디는 AI와 분자동역학(MD) 기술을 결합한 신약설계 플랫폼이다. 정적인 단백질 구조뿐 아니라 시간에 따른 구조 변화와 약물과의 상호작용까지 고려해 후보물질의 특성을 예측한다. 핵심 모듈인 ‘바론’(BARon)은 단백질과 약물 간 결합 친화도를, ‘알로파이퍼’(Allopiper)는 약물 결합에 따른 단백질 내부 및 단백질 간 상호작용 변화를 바탕으로 신호전달 특성을 예측한다.

아토매트릭스는 FDA 승인 뇌전증 신약 세노바메이트의 공동 발명자인 이은호 박사와 신약설계 플랫폼 캔디의 핵심 개발자인 이상배 박사가 공동대표다. 이번 연구에서는 캔디의 예측 결과를 후보물질 설계와 우선순위 선정에 활용해 초기 탐색 단계의 연구 의사결정을 지원할 예정이다. 회사는 이번 협력을 계기로 신규 약물 표적을 다루는 제약사 신약개발 연구로 플랫폼 활용을 넓혀 나갈 계획이다.

한림제약 관계자는 “이번 연구는 신규 약물 표적을 기반으로 비만 등 대사질환 치료 가능성을 탐색하고 경쟁력 있는 후보물질을 발굴하기 위한 것”이라며 “아토매트릭스의 AI·분자동역학 기반 신약설계 기술과 한림제약의 연구개발 경험을 접목해 후보물질 설계와 선별의 효율성을 높이고, 대사질환 신약개발의 기반을 마련하겠다”고 밝혔다.

이은호 아토매트릭스 공동대표는 “새로운 약물 표적을 대상으로 하는 연구에서는 후보물질의 결합 특성과 신호전달 특성을 함께 검토하는 것이 중요하다”며 “한림제약의 연구개발 경험과 캔디의 예측 기술을 바탕으로 후속 실험으로 이어질 수 있는 후보물질 발굴을 지원하겠다”고 말했다.

이우상 기자 idol@hankyung.com