부동산을 매각할 때 양도소득세를 줄이는 유일한 방법은 장기보유특별공제를 많이 인정받는 것이다. 보유 기간이 길수록 장기보유특별공제는 커지기 때문에 양도소득세가 줄어든다. 물론 오래 보유한다고 장기보유특별공제를 다 해주는 것은 아니다. 다주택 보유자가 조정대상지역에 있는 주택을 매각하는 경우 장기보유특별공제가 배제된다. 다주택자가 조정대상지역의 주택을 매각하면 양도소득세가 많이 나온다. 장기보유특별공제가 배제되고, 무거운 세율로 양도소득세가 계산되기 때문이다. 주택이 두 채인 경우 양도소득세 기본세율에 10%포인트가 추가되고, 3주택 이상이면 20%포인트가 추가된다. 보통은 세율 때문에 양도소득세가 많아진다고 생각하지만 장기보유특별공제가 배제돼 부담이 커지는 경우도 많다.
장기보유특별공제가 양도소득세에 미치는 영향은 크다. 그런데 재건축·재개발아파트를 매각하는 경우 장기보유특별공제 계산이 복잡해진다. 관리처분계획인가 이전부터 주택을 보유했다면 구주택의 매매차익과 새 아파트의 매매차익을 구분해 장기보유특별공제를 계산하기 때문이다. 구주택의 매매차익은 구주택과 새 아파트의 보유 기간뿐만 아니라 재건축 공사 기간까지도 보유 기간으로 인정받는다. 그래서 재건축아파트의 구주택 성격이 있는 부분은 장기보유특별공제가 높게 계산된다. 반면 새 아파트의 매매차익은 추가부담금을 지불한 경우에만 발생한다. 조합원이 추가부담금을 냈다면 완공 후 재건축아파트는 구주택의 연장선으로 볼 수만은 없다는 것이다. 추가부담금을 낸 만큼은 새 아파트를 취득한 것으로 보겠다는 것이다. 다만 새 아파트도 완공된 날에 취득한 것으로 보는 것이 아니라 관리처분계획인가일에 취득한 것으로 보고 장기보유특별공제를 계산한다.
추가부담금을 납부하지 않은 경우라면 구주택은 새 아파트로 이어진 것으로 판단한다. 구주택 보유 기간, 공사 기간, 신주택 보유 기간 모두 장기보유특별공제 대상이 된다. 이런 경우 양도소득세를 계산할 때 관리처분계획인가일 등을 고려할 필요가 없다. 완공된 재건축아파트는 100% 구주택의 성격으로 판단하기 때문이다. 재건축을 진행하는 과정에서 조합원이 청산금을 수령하는 사례도 가끔 있다. 보통 조합원 분양가격보다 구주택 평가액이 더 큰 경우 청산금을 수령한다. 이 경우에도 완공된 재건축아파트를 매각할 때 100% 구주택을 매각한 것으로 판단하고 장기보유특별공제는 전체 보유 기간을 인정받는다. 다만 재건축 과정에서 청산금을 수령했다면 구주택의 일부는 매각한 것으로 보기 때문에 나머지 부동산으로 재건축이 진행된 것으로 판단한다. 그래서 완공된 재건축아파트를 매각할 때 구주택의 취득가액은 당초 취득했던 가격보다 낮아지게 된다.
추가부담금을 납부했더라도 구주택과 새 아파트의 매매차익을 구분하지 않아도 되는 경우가 있다. 물론 다주택자가 조정대상지역에 있는 재건축아파트를 매각할 때도 구주택과 새 아파트의 매매차익을 구분할 필요가 없다. 어차피 장기보유특별공제가 불가능하기 때문이다. 하지만 중과세 대상이 아닌 재건축아파트도 구주택과 새 아파트의 매매차익을 구분할 필요가 없는 경우가 있다. 관리처분계획인가일부터 이미 15년(1세대 1주택인 경우에는 10년) 이상 경과했다면 구주택과 새 아파트의 매매차익을 구분하는 것은 의미가 없다. 어차피 새 아파트의 매매차익을 기준으로도 최대치의 장기보유특별공제를 받기 때문이다. 현행 세법에서 다주택자(조정대상지역이 아닌 경우)는 15년 이상 보유한 경우에는 최대 30%, 1세대 1주택으로서 비과세 요건을 갖춘 고가주택의 경우 10년 기준으로 최대 80%까지만 공제받을 수 있다.
결국 관리처분인가일부터 이미 15년 또는 10년 이상 경과했다면 구주택과 새 아파트 모두 장기보유특별공제는 최대로 받을 수 있기 때문에 전체 매각한 금액에서 구주택의 취득가격과 추가부담금, 각종 필요경비를 단순 차감한 매매차익에 장기보유특별공제를 계산하면 될 것이다.
