사실 종교인에 대한 과세 문제는 현행법 어디서도 면세나 비과세 등의 혜택을 명시한 것이 없다. 종교 재단(교단)에 대해서는 일정한 면세혜택을 주고 있지만 성직자 개인의 소득에 대한 과세는 어디에도 이를 면제한다는 조항이 없다. 그동안 국세청이 관습적으로 세금을 걷지 않았을 뿐이었고 그 때문에 세정 당국의 책임회피라는 비난도 없지 않았다. 바로 이런 문제 때문에 2006년 국세청이 기획재정부(당시 재경부)에 유권해석을 의뢰했던 것인데 그동안 정부가 이에 묵묵부답인 상태로 벌써 6년여를 또 허비하고 말았다.
종교인 과세 문제라고는 해도 여기서 말하는 것은 성직자들의 소득에 관한 문제다. 성직자에게 면세혜택을 주는 나라는 신정일체 국가를 제외하면 거의 없다. 최근 이탈리아가 종교재산에까지 영리목적인 한에는 세금을 내도록 하는 종교세법을 도입했을 정도다. 더구나 한국 가톨릭은 1994년 주교회의 이후 성직자들도 이미 소득세를 내고 있고 최근에는 기독교나 불교 역시 성직자 납세에 대해서는 전향적인 자세를 취하고 있어 여건은 충분히 성숙됐다고 할 것이다. 일반 국민들의 64.9%가 성직자 과세에 대해 찬성한다는 여론조사도 빼놓을 수 없다.
천주교 등 교회 재정이 투명하게 관리되는 교단에서는 별 문제가 없겠지만 성직자의 소득과 교단재정이 구분계리되지 않고 있거나 회계가 불투명한 교단들은 마찰음이 날 수도 있다. 정부가 적극적으로 안내 혹은 지도해주는 절차도 필요하다. 2006년 기준으로 36만5000명에 이른다는 성직자들이다. 또 교회 사찰 성당이 9만300개다. 종교인 과세가 종교단체들의 재정회계 처리를 보다 투명하게 만드는 계기도 될 것이라고 본다.