재개발·재건축 아파트 조합원의 입주권이 국세인 소득세법에서는 주택으로 간주되는 반면 지방세법에서는 토지로 달리 해석돼 혼선을 빚고 있다.

조합원 입주권은 주택수에 포함되는 데다 양도세도 중과되는 등 사실상 주택으로 취급받으면서도 다른 한편으로는 취득·등록세를 낼 때 토지로 간주돼 주택보다 훨씬 많은 세금을 내야 하는 모순된 처지이기 때문이다.


이같이 혼선이 빚어진 것은 정부가 양도세를 일반주택처럼 부과하기 위해 '공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률' 27조를 개정해 지난달 29일부터 시행에 들어간 것이 계기가 됐다.

정부는 조합원 입주권이 일반아파트와는 달리 사고 팔 때 양도세가 시세보다 낮은 평가금액으로 매겨져 일반 주택과 형평성이 맞지 않다는 이유로 이같이 법안을 개정했다.

개정법은 입주권과 분양권 매매시 실거래가 신고를 의무사항으로 규정했고 취득·등록세의 과세표준도 신고액으로 부과한다.

문제는 이 바람에 재개발·재건축 입주권 매수자는 취득·등록세를 납부할 때 차별을 받게 됐다는 점이다.

지방세법이 재개발·재건축 입주권 매매를 여전히 토지거래로 보면서 주택에 부과되는 2.2%의 거래세(전용면적 85㎡ 초과는 2.7%) 대신 토지에 적용되는 4.6%를 여전히 고수하고 있기 때문이다.

과거에는 토지거래에 따른 취득·등록세를 납부하더라도 평가금액이 시세보다 낮아 문제가 되지 않았지만 법 개정 이후에는 일반 주택의 약 2배에 해당하는 거래세를 내야 한다.

기존에 납부했던 거래세와 비교하면 최고 4배에 가깝다.

실제 서울 서초구 반포주공3단지 16평형은 50평형 아파트를 받을 수 있는 입주권이 17억~18억원에 거래되는데,예전에는 취득·등록세로 권리가액 5억100만원의 4.6%인 2304만원만 내면 됐지만 이제는 7820만~8280만원을 납부해야 한다.

또 완공 후 건물부분에 대해서 소유권 이전등기 비용도 든다.

표준건축비만 적용해도 최소 500만원이다.

18억원짜리 일반 아파트 취득·등록세가 4860만원인 것에 비하면 3500만원 이상 많다.

또 입주가 다음달인 서울 잠실주공 3단지(트리지움)와 이미 입주를 마친 4단지(레이크팰리스)는 가격대가 비슷하지만,세금에 엄청 차이가 난다.

3단지는 아직 '입주권' 상태여서 입주 전 거래땐 '주택'으로 간주되는 4단지보다 거래세를 수천만원 더 내야 하기 때문이다.

인근 윈윈공인 관계자는 "4단지에도 등기가 완료되지 않아 아직 입주권 상태에 있는 아파트가 있어 같은 단지 아파트와도 거래세가 2배 이상 차이 난다"고 지적했다.

이에 대해 행정자치부는 어쩔 수 없다는 입장이다.

행자부 관계자는 "재개발·재건축 입주권을 주택으로 볼 근거가 없으므로 토지 세금을 매기는 것은 당연하다"고 말해 지방세법 변경은 검토하고 있지 않다는 점을 분명히 했다.

한 지방자치단체 관계자는 "부동산실거래가는 건교부가 관리하고 취득·등록세는 행자부가 맡는데 법을 바꾸기 전에 실무적인 검토가 부족했던 것 같다"고 말했다.

전문가들은 주택거래 활성화를 위해서 작년 9월부터 거래세를 절반으로 낮췄는데 이미 주택과 다름없어진 조합원 입주권에 과도한 세율을 부과하는 것은 옳지 않다고 지적하고 있다.

과세할 때 국가.지방자치단체가 각자 입장에 따라 유리한 잣대를 고집하는 것은 납세자의 재산권을 침해하는 결과를 낳는다는 것이다.

원종훈 국민은행 세무사는 "조합원 입주권을 일관되게 주택으로 취급해 거래세율을 2.2~2.7%로 하향 조정할 필요가 있다"고 강조했다.

박종서 기자 cosmos@hankyung.com