국세청 전경./한경DB
국세청 전경./한경DB
국세청이 불법 '사무장 병원'에 대한 자료를 확보하고도 아무런 조치를 하지 않아 수백억 원대 세금이 걷히지 않은 것으로 드러났다. 세무조사 대상 선정과 세원 관리 전반의 허점도 확인됐다.

감사원은 지난해 5~6월 국세청 대상 정기감사를 한 결과 의료법 위반 기관에 대한 과세 관리 부실로 부가가치세 약 613억 원이 일실됐거나 일실 우려가 발견됐다고 27일 밝혔다.

국세청은 2020년 이후 국민건강보험공단으로부터 의료법·약사법 위반자 명단을 매년 넘겨받아 과세 자료로 축적해왔다. 명의 대여 방식으로 운영되는 이른바 '사무장 병원'은 의료인이 아닌 사람이 의사 명의를 빌려 병원을 운영하는 불법 의료기관을 뜻한다. 이 경우 부가가치세 면제 대상이 아니기 때문에 별도의 과세가 필요하다.

감사원에 따르면 국세청은 이들 위반자의 유죄 확정 여부를 확인해 과세 자료로 활용하는 후속 조치를 제대로 하지 않았다. 그 결과 105개 위반 기관은 유죄가 확정된 이후에도 방치되면서 7년의 부과제척기간이 지나 약 267억 원의 부가세가 걷히지 못한 것으로 조사됐다.

또 유죄가 확정된 64개 기관은 과세 부과 기간이 남아 있음에도 과세자료 생성과 전달이 이뤄지지 않아 약 310억 원의 세금을 추가로 징수하지 못하게 됐다. 24개 기관은 유죄 확정 이전 과세 시효가 끝나 36억 원이 징수되지 못했다.

감사원은 국세청장에게 과세자료 수집·활용·관리 전반을 철저히 하도록 주의를 요구했다. 또 부가가치세를 부당하게 면제받은 의료법 위반자에 대해 세금을 추징하는 방안을 마련하도록 통보했다.

국세청 전반의 세원 관리와 세무조사 운영에도 허점이 드러났다. 국세청은 세무조사의 기준이 되는 법인 성실도를 평가하면서 일부 평가항목을 누락(0점 처리)한 채 이를 지방청에 전달했다. 그 결과 2024~2025년 120개 법인이 불성실 신고 혐의로 부당하게 세무조사를 받은 것으로 나타났다.

개인사업자 조사 대상 선정 과정에서도 탈루 혐의가 큰 순으로 선별해야 함에도 단순히 명단 순서대로 선정하는 등 임의로 대상을 정한 사례가 59건 확인됐다. 가족 간 재산 거래 과정에서 사실상 증여에 해당하는 '편법 증여' 22건을 제대로 걸러내지 못한 점도 문제로 지적됐다.
    김다빈 기자 davinci@hankyung.com