코골이는 갖가지 합병증을 일으킬 수 있다. 첫째는 숙면을 이룰 수 없기 때문에 항상 머리가 무겁고 몸이 가뿐하지 않다. 둘째는 수면무호흡증. 잠을 자는 도중 10초 이상 숨을 쉬지 않는 경우가 한시간에 5회 이상이거나, 7시간 동안의 수면 중 30회 이상 일어나는 경우다. 증상이 극심한 환자는 수면시간의 절반 이상을 기도가 완전히 막힌 채로 보낸다고 한다. 이런 상태가 매일 밤 되풀이되면 낮에 심한 졸림증과 피로감을 느끼게 된다. 교통사고의 원인이 되기도 한다. 장기간 이러한 이상이 계속될 경우 심장이나 폐에 대한 부담을 가중시키며 고혈압 심장마비 등 심각한 합병증을 유발한다. 테크니온-이스라엘 기술연구소 연구팀은 수면무호흡증이 혈전생성과 동맥경화가 진행되고 있다는 신호일 수 있다고 최근 발표했다. 또 미국 하버드대 웨일 딜레이미 보건학 박사는 잘 때마다 코를 고는 사람은 당뇨병에 걸릴 위험이 정상인에 비해 2배나 높다고 밝혔다. 드물지만 돌연사를 초래할 수 있다. 미국에서는 한해 수면중 일어나는 2천∼3천 건의 돌연사가 무호흡증과 관계 있을 것으로 추정하고 있다.