행정자치부가 작년 11월부터 아파트 분양권 웃돈(프리미엄)에도 취득세를 물리고 있는 것으로 뒤늦게 밝혀졌다. 웃돈을 주고 분양권을 산 일부 수요자는 입주 때 종전의 두 배가 넘는 취득세를 물어야 할 처지에 놓였다.

17일 부동산업계에 따르면 행자부는 작년 11월9일 이 같은 내용의 지방세법 시행령 관련 지침을 전국 지방자치단체에 통보했다.

종전엔 지자체가 분양권 구입자에게 실거래가(분양가+웃돈) 중 웃돈을 뺀 분양가를 과세표준으로 해 취득세를 물렸다. 행자부는 실질과세원칙에 따라 실거래가를 기준으로 세금을 매기도록 유권해석을 내렸다고 설명했다.

취득세는 집값 6억원(전용 85㎡ 이하)을 기준으로 그 이하면 1.1%, 이를 초과하면 2.2%가 적용된다. 9억원을 넘으면 3.3%다. 분양권 거래가 많은 전용 85㎡ 이하, 분양가 5억원대 아파트를 웃돈과 함께 6억원대에 산 수요자는 취득세가 두 배 이상으로 급증할 것이란 예상이다. 부동산 전문가들은 분양권 ‘다운계약’(실제 거래가보다 낮게 계약하는 것)이 늘어나고 분양권 거래시장이 위축될 가능성이 있다고 전망했다.

김진수 기자 true@hankyung.com