철도공사, "세법에 따라 처리했고 국세청도 문제없다 했는데…'당혹'"

감사원이 대전지방국세청이 벌인 세무조사나 세원관리의 적정성을 살펴보기 위한 감사를 벌여 한국철도공사에 대해 1045억8845만원의 부가가치세를 추징하도록 국세청에 통보한 것으로 확인돼 논란이 예상된다.

감사원 처분에 따라 서대전세무서로부터 세금고지서를 받게 된 철도공사 측은 "세법에 정해진 규정대로 처리를 해왔을 뿐이고, 국세청도 세무조사 끝에 문제가 없다고 결정한 사안인데 감사원에 의해 거액의 세금을 물게 돼 당혹스럽다"는 입장이다.

감사원은 1일 "지난 2월 대전지방국세청에 대한 기관운영감사 과정에서 한국철도공사가 과세와 면세부분에 대한 부가가치세 매입세액공제와 관련한 세법규정을 잘못 적용한 사실을 적발, 부가세 1045억8845만원을 추징하도록 국세청에 통보했다"고 밝혔다.

감사원에 따르면 현행 세법에선 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영할 땐 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라, 공동사용으로 실지귀속을 알 수 없으면 '당해 사업'에 한정해 총공급가액에서 면세공급가액이 차지하는 비율을 따져 안분하도록 하고 있다.

그러나 철도공사는 740여 개의 사업장이 전국에 산재돼 있고 사업장별로 과세사업과 면세사업의 범위가 다양해 안분 계산하기 어려운 점을 감안, 전체 사업장의 총공급가액에서 전체 사업장의 면세공급가액이 차지하는 비율을 곱해 계산하는 예외규정을 두고 있다.

이와 관련 감사원은 철도공사가 예외규정에 따라 공통매입세액의 안분계산을 전체 사업장의 총공급가액에서 전체 사업장의 면세공급가액이 차지하는 비율을 곱해 계산해온 관행을 문제삼았다.

공통매입세액이 발생하는 사업을 구분하고 구분된 사업에서의 총공급가액에서 면세공급가액이 차지하는 비율을 곱해 안분 계산을 해야 하는데, 공사 측은 사업을 구분하지 않고 공사전체의 공급가액을 기준으로 안분한 것은 문제라는 것.

공사가 경유 등 주요 매입 재화와 용역이 실지 귀속되는 관련 사업을 구분하지 아니한 채 일률적으로 전체 사업장을 대상으로 과세기간별 32.16%에서 45.14%의 단일률을 구한 후, 이를 공통매입세액에 곱하여 불공제 매입세액을 산정한 것이 문제라는 설명.

감사원은 "일반철도선로 등 사용료의 경우 2005년 상반기 정당한 면세비율은 73.72%인데도 사용료와 관련이 없는 철도 유지보수 수탁사업과 고속철도 여객운송 사업까지 포함시켜 면세비율을 따지다 보니 34.89%로 낮게 산정하는 등 문제가 있었다"고 지적했다.

이에 따라 공사에서 2005년부터 2008년까지 부가가치세 매입세액 784억 상당을 과다 공제해 신고·납부했고, 감사원 감사가 이뤄질 때까지 그대로 둔 결과 가산세를 포함해 부가세 1045억8845만원이 부족 징수되는 결과로 이어졌다는 것.

감사원의 이같은 감사결과에 대해 철도공사 측은 펄쩍 뛰고 있다. 공통매입세액이 발생하는 사업별로 구분해서 안분하라는 규정은 세법 어디에도 없고, 세무조사에 나선 국세청도 이 문제는 공사가 잘 처리한 것으로 결론이 지어졌는데 이제 와서 무슨 소리냐는 얘기다.

공사 관계자는 "지금까지 어떤 탈세의도도 없이 세법에 정한 규정대로처리해 왔었다"며 "이제와 마치 탈세를 일삼은 공사처럼 비춰지는 것도 문제지만, 거액의 세금을 내라는 것에 당혹스러울 뿐"이라고 말했다.

한편, 공사는 "지금까지 나름대로 세법규정대로 성실하게 세금을 내왔다고 자부하는 만큼, 감사원 감사결과에 대해선 누가 옳았는지 확인해 볼 생각"이라고 밝혀, 필요하면 조세불복 단계를 거쳐 소송도 불사하겠다는 입장임을 내비쳤다.

조세일보 / 이동석 기자 dslee@joseilbo.com

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