열대 태평양의 해수면 온도가 평년보다 2~3도 올라가는 현상이다. 2~5년 주기의 엘니뇨가 시작되면 지구 기후시스템이 광범위하게 변화면서 지구 곳곳에 겨울철 이상 고온, 홍수, 가뭄 등 이상기상 현상이 발생한다. 국내에서도 겨울 엘리뇨의 영향으로 기온이 평년보다 0.4~1도 가량 높아진 것으로 조사됐다. 최근 엘니뇨는 1997~98년, 1994~95년, 1993, 1991~92년, 1982~83년, 1986~87년에 각각 발생했다. 기상청에 따르면 2002~2003년 엘니뇨는 지난해 4월부터 열대 중태평양 엘니뇨 감시구역을 중심으로 발달하기 시작, 고수온역이 점차 열대 동태평양 해역까지 확장해 11~12월에 최전성기를 보였다.