과기부와 교육인적자원부는 과학분야 영재학교 육성방안으로 KAIST 부설학교 설치,국립학교 신설, 기존 과학고 육성 등 3가지를 놓고 검토한 끝에 마지막 안을 선택했다. 기존 과학고 가운데 '전국단위 모집'이라는 요건에 맞춰 부산 전북 등 3곳이 영재학교 전환을 신청했다. 당초 정부쪽은 경기와 대전지역 학교를 각각 '서울에 인접해 대학들이 가까이 있다' '대덕 연구단지가 가깝다'는 이유로 선호했다고 한다. 하지만 이들 학교가 '해당 지역에서 40∼50%의 학생을 뽑고 나머지를 전국에 개방한다'고 주장, 제외됐다. 학교 형태가 시.도립인 관계로 해당 지방자치단체의 예산지원 등을 중요 요소로 평가한 결과 부산과학고가 낙점됐다. 선정에 참여했던 한 인사는 "애당초 2개 학교를 뽑으려했지만 부산과학고와 2위간 격차가 너무 커 결국 1개만 골랐다"고 밝혔다.