교육세 및 농어촌특별세 등 목적세를 폐지하는 방안을 놓고 정부와 관련 단체들이 맞서고 있다. 정부는 현행 목적세가 지나치게 복잡할 뿐만 아니라 예산 운용의 경직성을 야기하고 납세 비용을 증가시키고 있다며 반드시 폐지하겠다는 방침이다. 정부는 폐지하는 목적세만큼 일반 세수에서 보전해주기 때문에 관련 예산이 실제로 줄어들지 않는다는 입장이다. 반면 교육단체와 농민단체 등은 관련 예산을 줄이기 위한 사전 조치가 아니냐며 반발하고 있어 6월 임시국회 통과 여부에 관심이 쏠리고 있다.