다주택자의 주택과 비업무용 토지의 양도소득세를 일반세율(올해 6~35%，내년부터 6~33%)로 낮추기로 한 소득세법 개정안이 통과되기 전에 거래가 이뤄질 경우 낮은 세율로 신고해도 불이익을 받지 않는다.

기획재정부는 22일 국회 처리 과정에서 세율이 조정되면 어떻게 하느냐는 납세자들의 문의에 대해 이 같은 유권해석을 내렸다. 개정 법률안은 국회 의결을 전제로 지난 16일부터 소급 적용하는 것으로 돼 있다. 하지만 최근 국회에서 3주택 이상까지 일반세율로 전환하는 것은 무리라는 주장이 일부 여당 의원들 사이에서 나오고 있다.

그래서 정부 발표 이후 주택을 사고 판 다주택자나 비업무용 토지를 거래한 사람은 양도세를 어떻게 내야 하는지 문의가 쏟아지고 있는 것이다. 양도세는 부동산 잔금 청산일 또는 등기이전일부터 두 달 뒤 말일까지 신고 납부토록 규정돼 있다. 3월에 부동산을 양도했다면 5월 말까지 신고하면 된다는 얘기다.

2주택자는 2010년까지 한시적으로 일반세율이 적용돼 상관없지만 45%를 내는 3주택 이상 보유자나 최고 60%를 내야 하는 비업무용 부동산은 어떤 기준에 맞춰 신고해야 할지 혼선이 있는 게 사실이다.

재정부 관계자는 "국회에서 세율이 바뀌어서 통과된다고 하더라도 직권 경정을 통해 더 내도록 하거나 환급받으면 된다"며 "정부 입법예고안을 믿는 것은 납세자의 귀책 사유가 아니다"고 말했다.

한편 재정부는 다주택자에 대한 양도소득세 중과 폐지는 분양권에도 똑같이 적용된다고 확인했다.

차기현 기자 khcha@hankyung.com