법인이 지방에서 수도권 과밀억제권역(서울 인천 수원 성남 등 16곳)으로 본점 등을 이전할 때 기존 보유 부동산에 대해 내던 등록세가 크게 줄어들 전망이다.

감사원은 4일 '행안부 기관운영 감사 결과'를 공개하면서 "법인이 대도시 내로 본점을 이전할 경우 이전과 무관하게 취득한 부동산에 대해선 등록세 중과 대상에 포함되지 않도록 지방세법 시행령 규정을 합리적으로 개정하라"고 행정안전부 장관에게 요구했다.

현 지방세법에 따르면 대도시 인구 억제를 목적으로 대도시에 본점이나 주사무소,지소 등을 설립하거나 이전할 경우 대도시 내에 사전 취득한 부동산에 대해서도 등록세를 중과하도록 돼 있다. 하지만 감사원은 중과 범위가 너무 광범위해 등록세 중과가 부당하다고 지적했다.

경기도 수원시 등 5개 시는 법인이 본점 이전과 무관하게 대도시 내에 구입한 부동산에 대해서도 일률적으로 등록세를 중과하고 있다.

또 서울시 영등포구청의 경우 대도시로 이전하는 법인이 사업장용이 아닌 제3자에게 임대할 목적으로 대도시 내에 취득한 부동산까지 과도하게 등록세를 중과했다.

이에 따라 2004년 이후 중과한 등록세 172억원 중 30억원이 행정소송 및 심판을 통해 잘못 중과된 것으로 결정났고 2008년 10월 현재 중과 등록세 중 40억원이 행정소송 · 심판에 계류돼 있어 행정력이 낭비되고 있다고 감사원은 지적했다.

구동회 기자 kugija@hankyung.com