동일한 사안에 대한 과세처분이 제대로된 것인지에 대해 판정기관마다 다른 결정이 나와 문제로 지적되고 있다. 이로 인해 현재 다원화된 소송전 납세자 구제제도를 일원화하거나 관계기관간결정전 의견참조 등 절차를 통해 일관된 결정을 내리도록 하는 등 제도개선이 필요한 것으로 지적되고 있다. 12일 재정경제부와 국세청에 따르면 감사원은 지난달 중순 모 건설사가 외환위기 여파로 회원사출자금 대부분을 손실처리하고 99년 주택보증으로 재출범한 주택공제조합의 이 회사 출자금을 손비로 인정치 않은 국세청을 상대로 제기한 심사청구에서 국세청의 손을 들어줬다. 그러나 국세심판원은 이에 앞서 지난 6월 2개 건설사가 공제조합 출자금과 재출범한 주택보증의 지분평가차액을 손금으로 인정하지 않고 과세한 국세청의 처분이잘못됐다며 경정결정을 내렸다. 동일사안에 다른 결정이 난 이유는 주택공제조합과 재출범한 주택보증이 동일조직인지 해석이 다르기 때문으로 다른 조직이라면 공제조합 파산시 건설사들이 투자자산처분손실을 입은 것이 인정되나 동일조직으로 보면 자산처분이 없었으므로 인정할 수 없게 된다. 심판원은 6월 "주택공제조합과 주택보증을 동일성유지를 전제로 한 조직변경으로 보기 어렵고 공제조합은 인적회사, 주택보증은 물적 회사로 법상 조직변경이 제한된다"고 결정했으나 감사원은 이번에 공제조합-주택보증을 동일성을 유지한 조직변경으로 인정, 조합출자금을 손금처리하는 것은 잘못됐다는 결정을 내렸다. 전체 건설사중 공제조합 출자금 손실분을 손금처리한 18곳중 4∼5개 업체가 국세심판원이나 감사원에 심판을 청구한 상태로 심판원에서 경정결정을 받은 건설사는이를 손금처리할 수 있으나 감사원에 청구한 회사는 이를 손비처리하지 못하거나 적지 않은 비용과 시간을 들여 소송을 제기해야 할 형편이다. 국세심판원은 "국세부과처분에 대해 국세청, 국세심판원, 감사원 등 3개 기관에선택적 심판청구가 가능해 이런 일이 일어날 수 있다"며 "그러나 결정은 독립적으로내려지므로 의견을 조율하거나 이전 결정례를 서로 참고하는 일은 없다"고 밝혔다. 한편, 국세청 관계자는 "법인세법은 투자자산처분시만 평가손실의 비용처리가가능해 처분하지 않은 조합출자금을 비용처리하는 것은 불합리하다"며 "그러나 국세심판원의 결정을 존중해 이에 대해 이의를 제기하지는 않을 것"이라고 말했다. chunjs@yna.co.kr (서울=연합뉴스) 전준상.김종수기자 jsking@yna.co.kr