전국 226개 시·군·구 지방자치단체의 법인세 세무조사권을 다시 국세청에 넘기는 방안이 올해에도 국회 문턱을 넘지 못했다. 여러 지자체의 동시다발적인 세무조사로 기업의 불안감이 커지고 있다는 지적이 제기됐지만 받아들여지지 않았다.

국회 안전행정위원회는 21일 지자체가 갖고 있는 지방소득세 세무조사 권한을 다시 국세청으로 일원화하는 내용의 지방세법과 지방세기본법 개정안에 대한 심의를 중단하기로 했다. 국회 안행위 관계자는 “지자체의 과세 자주권을 침해한다는 지적이 있어 여론을 수렴한 뒤 다시 논의하기로 했다”고 설명했다. 지난해에도 정부는 지자체의 세무조사권을 제한하려고 했지만 지자체와 정치권의 반대로 관련 법안이 폐기됐다.

논란이 시작된 것은 지자체의 세무조사 권한이 강화된 지난해부터다. 2013년 개정된 지방세법에 따라 지난해(2014년 소득분)부터 법인이 내는 지방소득세 징수 기관이 국세청에서 시·군·구로 바뀌었다. 이에 따라 지자체도 국세청처럼 법인을 직접 세무조사할 수 있게 돼 논란을 빚었다. 또 이전에는 기업들이 국세청만 상대로 과세처분의 적법성을 따지면 됐지만 지금은 사업장이 있는 모든 지자체를 상대로 불복 청구를 해야 하는 불편도 커졌다.

문제를 뒤늦게 파악한 정부는 세무조사를 2018년까지 유예해달라고 작년 3월 지자체에 요청했다. 하지만 해당 요구는 법정 구속력이 없기 때문에 일부 지자체는 무시하고 지방법인세 관련 세무조사에 꾸준히 나선 것으로 알려졌다. 기업들은 부담이 커지자 지난해부터 정부에 끊임없이 관련 법 개정을 요청했다. 홍윤식 행정자치부 장관도 지난 7월 “중소기업계의 요구를 수용해 지자체에 부여된 지방법인세 세무조사권을 국세청으로 일원화하겠다”고 약속했다.

김주완 기자 kjwan@hankyung.com