교육과학기술부와 지식경제부가 부실대학 구조조정에 긴밀히 협력하기로 합의했다. 16일 교과부에 따르면 이주호 교과부 장관과 최중경 지경부 장관은 15일 오후 만나 "부처간 유기적 정보교환을 통해 대학에 재정을 지원할 때 부실대학을 제외하는 등 대학 구조조정 추진에 긴밀하게 협력하자"고 원칙적으로 합의했다. 두 부처의 합의는 최근 대학등록금 완화를 위해 정부가 대학에 재정을 지원하더라도 부실대학 정리 등 대학 구조조정이 선행돼야한다는 여론에 따른 것이다. 교과부는 취업률ㆍ재학생 충원율ㆍ전임교원 확보율ㆍ교육비 환원율 등이 최하위 수준인 부실대학 23개를 대출제도 이용 제한대학으로 지정하고 있다. 하지만 대출 제한 대학에 116억원의 정부 재정이 지원되는 등 부실대학 관리가 제대로 이뤄지지 않는다는 지적이 많았다. 또 부실대학에 해산 통로를 열어주는 대학구조조정 법안도 정부입법과 의원입법으로 2009년과 2010년 발의됐으나 논의조차 되지 않고 있다. 두 부처는 또 정부의 연구개발 자금을 장비구입이나 건물 신축 등에 투자하기 보다는 인적 자본 확충 중심으로 투자하자는데 뜻을 모았다.